Structure #144743
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | + |
Position | 32,415,219 - 32,415,334 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken, fugu, zebrafish |
Mean pairwise identity | 69.15 |
Columns | 119 |
Mean single MFE | -28.78 |
Consensus MFE | -7.19 |
Combinations/base pair | 21 / 16 = 1.31 |
SCI | 0.25 |
z-score | -2.57 |
RNA class probability | 0.937052 |
This structure is part of cluster 80020
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 119 Columns: 119 Strand: + Mean pairwise identity: 69.15 Mean single sequence MFE: -28.78 Consensus MFE: -7.19 Energy contribution: -7.42 Covariance contribution: 0.23 Mean z-score: -2.57 Structure conservation index: 0.25 SVM decision value: 1.26 SVM RNA-class probability: 0.937052 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/32415219-32415334 CAUUUACAGCAGUAUUUUAUGCCAGGGUUAGUAUUUAAAAGCUGGUAUUUAGGUCAAAGUAAACAGAUUAUACAAGAAUAAUAUUUCUUGAUCCCCUGUGAACCUUGACCUGUGU ........(((.......(((((((..((........))..))))))).((((((((.((..((((...((.((((((......))))))))...))))..)).))))))))))) ( -28.70) >mm5.chr15/92056263-92056148 CAUUUACAGCAAUAUUUUAUGCCAGAGUUAGUAUUUAAAAGCUAGUAUUUAGGUCAAAGUAAACAGAUUAUACAAGAAUAAUAUUUCUUGAUCCCCUGUGAACCUUGACCUAUGU ....((((((........((((........))))......))).)))..((((((((.((..((((...((.((((((......))))))))...))))..)).))))))))... ( -25.24) >rn3.chr2/196661640-196661525 CAUUUACAGCAGUAUUUUAUGCCAGAGUUAGUAUUUAAAAGCUAGUAUUUAGGUCAAAGUAAACAGAUUAUACAAGAAUAAUAUUUCUUGAUCCCCUGUGAACCUUGACCUGUGU ....(((.(((........)))......((((........)))))))..((((((((.((..((((...((.((((((......))))))))...))))..)).))))))))... ( -25.60) >galGal2.chrZ_random/9014001-9014112 CAUUUACAGCAGUAUUUUAUACAGGGUUAGUAAUUUAAGGUGGUAGAAGUCAAAGUGCCCAGGUUAUACAAGAAUAACAUUUCUUGAUCCCCUGUACACUUUGACCCAUGU ..(((((.((..((..((((.........))))..))..)).))))).(((((((((..((((..((.((((((......))))))))..))))..)))))))))...... ( -32.60) >fr1.chrUn/60595505-60595614 CAUUCCCAGUAGGCUCGUGCCUCACAGUUAGUAAAACGGGAGUUCAAAGUUUGCAAGAUGCACAAGGAAGCAGAAGCUUUCUUGCCAUCUUCUAAACCCUGACCCCGGG ....(((.((((((....)))).))............(((.((.((..(((((.((((((..(((((((((....))))))))).)))))).)))))..)))))))))) ( -40.00) >danRer1.chr5/21624733-21624835 CAUUUCCAGCAGUAUUUUACCUCACCAUUAGUACAAGAGUUCAAAGUUUGCAAGAUUCACUCGGAAUGGCUCCUUUGUAACCUUGUAAACCCUGACCUCAGU ...........(((((.............)))))..(((.(((..(((((((((.((.((..(((.....)))...)))).)))))))))..))).)))... ( -20.52) >consensus CAUUUACAGCAGUAUUUUAUGCCAGAGUUAGUAUUUAAAAGCUAGUAU_UAGGUCAAAGUAAACAGAUUAUACAAGA____AUAAUAUUUCUUGAUCCCCUGUAAACCUUGACCUAUGU ....................................................(((((.((..((((......(((((............))))).....))))..)).)))))...... ( -7.19 = -7.42 + 0.23)