Structure #144764

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr5
Strand	+
Position	32,415,412 - 32,415,527
Number of sequences	6
Organisms	human, mouse, rat, dog, chicken, fugu, zebrafish
Mean pairwise identity	73.02
Columns	120
Mean single MFE	-44.28
Consensus MFE	-29.97
Combinations/base pair	50 / 41 = 1.22
SCI	0.68
z-score	-6.58
RNA class probability	0.936489

This structure is part of cluster 80020

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  72.79
 Mean single sequence MFE: -44.28
 Consensus MFE: -29.97
 Energy contribution: -33.08
 Covariance contribution:   3.12
 Mean z-score:  -6.58
 Structure conservation index:   0.68
 SVM decision value:   1.25
 SVM RNA-class probability: 0.935601
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr5/32415412-32415527
UGUCUAGGGACUGAAAGGUUAAGGAAAUCUGUUUGGUUUCCCUUCUGUGCCUUUGCAUGACUGCAAAGUCACUAAACCAAACAGCUGCUUCCUCACCUUUCACUCCCUACACUUA
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>mm5.chr15/92056450-92056335
UGUCUAGGGACUGAAAGGUUAAGGAAAUCUGUUUGGUUUCCUCUCCGUGCCUUUGCAUGUCUGCAAAGUCACUAAACCAAGCAGCUGCUUCCUCACCUUUCAUUCCCUACACUUA
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>rn3.chr2/196661829-196661714
UGUCUAGGGACUGAAAGGUUAAGGAAAUCUGUUUGGUUUCCUCUCUGUGCCUUUGCAUGUCUGCAAAGUCACUAAACCAAGCAGCUGUUUCCUCACCUUUCAUUCCCUACACUUA
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>galGal2.chrZ_random/9014184-9014298
GGUAUAGAGACUGAAAGGUCAAGGGAAUCUGUUUGGUUUCUUUAUUGUGCCUUUGCCAGAAUGCAAAGUCACUAAACCAAACAGUUGCUUCUCACCUUUCAUUCCCUACACUCA
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>fr1.chrUn/60595663-60595778
GCAUAGGGACUGAAAGAGCCAAGGAAGUCUGCUUCAUUCUGCUGCACUUCUGCUCAGGAAGCAGAACCACAGGAGAACCGCAGAUAUUCCCGUUUCUCUCAAUCCCCAUUCUAC
.....((((.(((.((((.(..((((((((((....((((.(((...(((((((.....)))))))...))).))))..)))))).)))).).)))).))).))))........ ( -39.40)
>danRer1.chr5/21624896-21625012
UGCAUAGGAACUGAAGCAGUCAAGGAAAUCUGCUUUACUUUGCCUGUGUGUAUGCAGAGCAAGCAACACCACAGUAAACUAAUCAGAUAUUCCUUGCCUCUCAAUCCCUAUUCCCA
...(((((...(((.(.((.((((((((((((..(((.(((((.(((((((.(((.......)))))).))))))))).))).))))).))))))).))))))...)))))..... ( -33.90)
>consensus
UGUAUAGGGACUGAAAG_GUCAAGGAAAUCUGUUUGGUUUCCUUUCUGUGCCUUUGCAU_GAAUGCAAAGUCAC___UAAACCAAGCAGCUGCUUCCUCACCUUUCAUUCCCUACACUUA
.((.((((((.((((((.((...((((..(((((((((((.......(((.(((((((.....))))))).)))....)))))))))))....))))..)))))))).)))))).))... (-29.97 = -33.08 +   3.12)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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