Structure #145109
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | - |
Position | 40,868,515 - 40,868,594 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, fugu |
Mean pairwise identity | 78.66 |
Columns | 81 |
Mean single MFE | -15.82 |
Consensus MFE | -10.93 |
Combinations/base pair | 17 / 15 = 1.13 |
SCI | 0.69 |
z-score | -1.7 |
RNA class probability | 0.875004 |
This structure is part of cluster 80237
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 81 Columns: 81 Strand: + Mean pairwise identity: 78.66 Mean single sequence MFE: -15.82 Consensus MFE: -10.93 Energy contribution: -10.85 Covariance contribution: -0.08 Mean z-score: -1.70 Structure conservation index: 0.69 SVM decision value: 0.89 SVM RNA-class probability: 0.875004 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/40868594-40868515 AGCUUAUCAGUGAUGUUGUAAAAAUAAAUGUCUGAACAUAUGAAUGCAGUAUUGAUUUCAGCAUUUAACUGAGAUAAGC .(((((((((((((((((...((((.((((.(((..(((....)))))))))).)))))))))))..)))))..))))) ( -17.50) >canFam1.chr4/19596926-19597005 AGCUUAUCAAUGAUGUUGUAAAAAUAAAUGUCUGAACAUAUGAAUUUGAUACUGAUUUCAGCAUUUAACUGAGAUAAGC .(((((((...((((((.........))))))........(((((((((........)))).))))).....))))))) ( -13.70) >mm5.chr15/99200049-99200129 AGCUUAUCAAUGAUGUCCUAAAAAAUAAAUGUCUGAACAUAUGACUGCUAUAAUGAUUUCAGCAUUUAACUGAGAUAAGC .(((((((...(....)........((((((.(((((((((((.....))).)))..))))))))))).....))))))) ( -14.40) >rn3.chr2/203989793-203989872 AGCUUAUCGAUGAUGUCCUAAAAGUAAAUGUCUGAACAUAUGAAUGCUAUACUGAUUUCAGCAUUUAACUGAGAUAAGC .((((((((((...))).....((((((((.(((((((((((.....)))).))..)))))))))).)))..))))))) ( -16.20) >galGal2.chrZ/6023186-6023107 AGCUUGUCAAUGAUGUUUCUUACUAAAAUGUCUGAACAUAUGAACUUCAUAGUGAUUUCAGUGCAUUACUGAGAUAAGC .(((((((...((....)).......((((((((((((((((.....))).)))..))))).))))).....))))))) ( -17.20) >fr1.chrUn/290521634-290521710 CUUACCGAUGAUGGAAUGAGGAAAAUGUCCGAACAAAUGAAUCAAAUGUGAAAUCAGUAUUCAUUCUGAGGUAAGC ((((((.....(((((((((((.....))).......(((.(((....)))..)))....)))))))).)))))). ( -15.90) >consensus AGCUUAUCAAUGAUGUUCUAAAAA_UAAAUGUCUGAACAUAUGAAUGCAAUACUGAUUUCAGCAUUUAA_CUGAGAUAAGC .(((((((....................((((....))))..................((((........))))))))))) (-10.93 = -10.85 + -0.08)