Structure #148166
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | - |
Position | 89,198,168 - 89,198,286 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
Mean pairwise identity | 88.94 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -32.95 |
Consensus MFE | -25.73 |
Combinations/base pair | 44 / 38 = 1.16 |
SCI | 0.78 |
z-score | -2.44 |
RNA class probability | 0.938679 |
This structure is part of cluster 82009
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 88.94 Mean single sequence MFE: -32.95 Consensus MFE: -25.73 Energy contribution: -26.85 Covariance contribution: 1.12 Mean z-score: -2.44 Structure conservation index: 0.78 SVM decision value: 1.27 SVM RNA-class probability: 0.938679 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/89198286-89198168 GGCCUUGACUAUCACAUUUUCAUCGAAUGUGAAUUCCUUUUUGUACGUGUACAUAUUGUACAGAGAACAGAAGAGCUCACAGCAGCCCCUAAAAGGCAUCUGUUCUUUAUAGUGAGAU ...(((.((((((((((((.....))))))))................((((.....))))((((((((((...((.....)).(((.......))).)))))))))).))))))).. ( -31.50) >mm5.chr13/37405387-37405505 GGCCUUGGCUAUCACGUUUUCAUCGAAUGUGAAUUCCUUUCUGUACGUGUGCAUAUUGUACAGAGAACAGAAGAGCUCACAGCAGCCCCUCAGAGGCAUCUGUUCUUUAUAGUGAGAU (((....))).((((((((.....))))))))....(((.(((((..(((((.....)))))(((((((((...((.....)).(((.......))).)))))))))))))).))).. ( -35.90) >canFam1.chr3/73260166-73260284 GGCCUUGGCUAUCACAUUUUCAUCGAAUGUGAAUUCCUUUUUGUACGUGUACAUAUUGUACAGAGAACAGAAGAGCUCACAGCAGCCCCUAAACGGCAUCUGUUCUUUAUAGUGAGAU (((....))).((((((((.....))))))))....(((.(((((..(((((.....)))))(((((((((...((.....)).(((.......))).)))))))))))))).))).. ( -34.10) >galGal2.chrW/1173575-1173457 AGGGCCUUGGCUAUCACAUUUUCAUGUGAUGUGCACUCUCAUAUACAUGUGCAUAUUAUACAAAGAACAGAAGAACUCACAGCAGCCCCAAAACAGCAUCUGUUCUUUAUACUGAGAU ..(((....))).......(((((((((((((((((............)))))))))))).((((((((((.(....)...((............)).))))))))))....))))). ( -30.30) >consensus __GGCCUUGGCUAUCACAUUUUCAUCGAAUGUGAAUUCCUUUUUGUACGUGUACAUAUUGUACAGAGAACAGAAGAGCUCACAGCAGCCCCUAAAAGGCAUCUGUUCUUUAUAGUGAGAU ..(((....))).((((((((.....))))))))....(((.(((((..(((((.....)))))(((((((((...((.....)).(((.......))).)))))))))))))).))).. (-25.73 = -26.85 + 1.12)