Structure #150838
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | - |
Position | 130,057,238 - 130,057,355 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 81.43 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -37.51 |
Consensus MFE | -31.64 |
Combinations/base pair | 53 / 36 = 1.47 |
SCI | 0.84 |
z-score | -3.41 |
RNA class probability | 0.99934 |
This structure is part of cluster 83565
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 81.43 Mean single sequence MFE: -37.51 Consensus MFE: -31.64 Energy contribution: -29.32 Covariance contribution: -2.31 Mean z-score: -3.41 Structure conservation index: 0.84 SVM decision value: 3.52 SVM RNA-class probability: 0.999340 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/130057355-130057238 AUUGCUACAUAGUAAGGGAGACUGGGGAGUACAGGCUUUUAGCUGAGUGGCAAACUGCCCAGAUAAAAAUGACCAUAACGGGAGAGUGAGAAUUGGGAAGCAGUUAACCAUCUUCGC ..((((((.(((((((((...(((.......))).))))).)))).))))))((((((((((..........((.....))...........))))...))))))............ ( -27.10) >mm5.chr18/60350156-60350039 AUUGCCACACAGCAGGGGAGACUGGGGAAUACAGGUUUUUAGCUGGGUGGCAGAUUGCCCAGAUAAAAAUGGGUAGAAAGGGAGAAUGGGAAUUGGGAAGCAAUUAACCAUCUCUAG .(((((((.((((...(((((((.(......).))))))).)))).))))))).(((((((........)))))))....(((((.(((.(((((.....)))))..)))))))).. ( -42.60) >rn3.chr18/31533397-31533517 AUUGCCACACAGCAGGGGAGACUGGGGAAUUCAGAUUUUUUUUAGCUGGGUGGCAGACUGCCUAGAUAAAAAUGGGUAGAGAGGGAGAAGGGGAAUUGGGAAGCAAUUAACCAUCUCUAG .(((((((.((((((((((((((((.....)))).)))))))).)))).))))))).(((((((........)))))))....(((((.((..(((((.....)))))..)).))))).. ( -46.20) >canFam1.chr11/54961316-54961431 AUUGCCACACAGUCAGAGAAACUGGGGAAUACAGACCUCUAGCUGGGUGGCAAAUUGCCCAAAUAGAUGAGUGGAAAGGGAGAAUGGGGAUUGGGAAGCAAUUAACCAUUUCUGC .(((((((.(((..((((...(((.......)))..))))..))).)))))))....(((.................)))(((((((.(((((.....)))))..))).)))).. ( -34.13) >consensus AUUGCCACACAGCAAGGGAGACUGGGGAAUACAGACUUUU___AGCUGGGUGGCAAACUGCCCAGAUAAAAAUGAGUAGAAAGGGAGAAUGGGAAUUGGGAAGCAAUUAACCAUCUCUAC .(((((((.((((.((((...(((.......)))..))))....)))).))))))).(((((((........)))))))....(((((..(..(((((.....)))))..)..))))).. (-31.64 = -29.32 + -2.31)