Structure #150899
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | + |
Position | 131,616,904 - 131,617,021 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 80.48 |
Columns | 117 |
Mean single MFE | -45.33 |
Consensus MFE | -33.45 |
Combinations/base pair | 50 / 39 = 1.28 |
SCI | 0.74 |
z-score | -1.91 |
RNA class probability | 0.874422 |
This structure is part of cluster 83596
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 117 Columns: 117 Strand: + Mean pairwise identity: 80.48 Mean single sequence MFE: -45.33 Consensus MFE: -33.45 Energy contribution: -35.95 Covariance contribution: 2.50 Mean z-score: -1.91 Structure conservation index: 0.74 SVM decision value: 0.89 SVM RNA-class probability: 0.874421 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/131616904-131617021 CUGGGCCCAGCUAGGUAAACCUGUCCCCGCCCUGCUGCCUGGCAACCCCUUUGUUGGGUCCCAGAGCAGACUGGUUUUCUCUGUGAAAACAGAGAAAGAGCAGGUCUGACAGGGGUG (((....))).((((....)))).((((((.(((..(((..((((.....))))..)))..))).))(((((..((((((((((....))))))))))....)))))....)))).. ( -49.90) >mm5.chr11/67935871-67935754 AUGGGCUCAGCUGGAUACACCUGUUCCCGCCCUGCCACCCAAGAGUCUCUUUGUUGGGUCUCAGAACAGGCUGUUUUCCUCUGUGAAAACAGAAUCGGAGCAGGUCUGACGAGGGUG ..(((..(((.((....)).)))..)))(((((...((((((.((.....)).)))))).......((((((...(((((((((....)))))...))))..))))))...))))). ( -43.90) >rn3.chr10/71234393-71234276 AUGGGCUCAGCUGGGUACACCUGUCCCCGCCCUGCCACCCAAGAGUCUCUUUGUUGGGUCCCAAAGCAGGCUGUUUUCCUCUGUGAAAACAGAAUCAGAGCAGGUCUGACAAGGGUG ...(((...((.(((.((....))))).))...)))((((((.((.....)).))))))(((....(((((((((((..(((((....)))))...)))))).)))))....))).. ( -44.00) >canFam1.chr11/21933231-21933343 CUGGGCCCAGCUGGGUAAACCUGCCCCUGCCCUGAUGCCUGGCAGCCCCUUUGUUGGGACCCAGAGUAGACAGGUUUUCUCUGUGAAAGACAAAGCAAGUCUGACAGGGGUG (((((((((((.(((.....(((((...((......))..))))).)))...)))))).))))).((((((..(((((.(((.....))).)))))..)))).))....... ( -43.50) >consensus AUGGGCCCAGCUGGGUAAACCUGUCCCCGCCCUGCCACCCAACAGCCCCUUUGUUGGGUCCCAGAGCAGACUGGUUUCCUCUGUGAAAACAGAAACAGAGCAGGUCUGACAAGGGUG ..(((..(((.((....)).)))..)))(((((...(((((((((.....))))))))).......((((((.(((((((((((....))))))..))))).))))))...))))). (-33.45 = -35.95 + 2.50)