Structure #152315
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr5 |
| Strand | - |
| Position | 141,210,825 - 141,210,945 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat |
| Mean pairwise identity | 79.41 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -46.11 |
| Consensus MFE | -32.47 |
| Combinations/base pair | 39 / 33 = 1.18 |
| SCI | 0.7 |
| z-score | -2.61 |
| RNA class probability | 0.994563 |
This structure is part of cluster 84280
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 79.41 Mean single sequence MFE: -46.11 Consensus MFE: -32.47 Energy contribution: -33.60 Covariance contribution: 1.13 Mean z-score: -2.61 Structure conservation index: 0.70 SVM decision value: 2.49 SVM RNA-class probability: 0.994563 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/141210945-141210825 AGGCAAGUCAGUUUCGGGCCAUCUCUCUUCCCAGGGAAGGGGGCUAUCUCUGAAACACGUCUGGGAAGGGAUGUUUCUGGCCCUACCCCCAUCUCUCCUAUGGGGGUUUCUCUGCCCUGC .((((..........((((((.(((((((((((((..(((((....)))))........)))))))))))).)....)))))).((((((((.......)))))))).....)))).... ( -50.40) >canFam1.chr2/37411876-37411756 AGGCAUGUCAGUCUUGGGCCAUCUCUCUUCCCAGGGAAGGGGGCUAUCUCUGAAGCAUGUCUGGGAAGGGAUAUUCCUGACCCUCCCUGCAUCUCUCCUCUGGGGGUGUCUCUGACCUGC ..(((.(((((....(((..((.((((((((((((.((((((....)))))......).)))))))))))).)).)))(((.(((((..............))))).))).))))).))) ( -43.34) >mm5.chr18/38629835-38629726 AGACAAGUCAGUCUUGGGCCGGCUCUCUUUCCAGGCAAGAGUUGUCUCUGAAGCUCUCUGGAAGAGAAGUCUCUGACCCCCAUCUCUCCGAUGGGAGUGUCUGCCCUGC ((((......)))).((((.(((((((((.((((...((((((........))))))))))))))).))))...((((((((((.....)))))).).))).))))... ( -44.20) >rn3.chr18/633-524 AGACAAGUCAGUCUUGGGCCGGCUCUCUUUCCAGGCAAGAGCUGUCUCUGAAGCUCCCUGGAAGAGAAGUCUCUGACCUCCAUCUCUCAGAUGGGAGUGUCUGCCCUGC ((((......)))).((((.(((((((((.(((((...(((((........))))))))))))))).))))...((((((((((.....))).)))).))).))))... ( -46.50) >consensus AGACAAGUCAGUCUUGGGCCAGCUCUCUUCCCAGGCAAGAG__CUAUCUCUGAAGCAC_UCUGG_AAGAGAAGUCUCUG_____ACCCCCAUCUCUCCGAUGGGAGUGUCU__GCCCUGC ((((......)))).((((....((((((((((((..((((......))))........)))))))))))).............(((((((((.....)))))))))......))))... (-32.47 = -33.60 + 1.13)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
