Structure #152359
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr5 |
| Strand | - |
| Position | 141,211,139 - 141,211,259 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat |
| Mean pairwise identity | 87.84 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -53.43 |
| Consensus MFE | -47.53 |
| Combinations/base pair | 40 / 33 = 1.21 |
| SCI | 0.89 |
| z-score | -4.23 |
| RNA class probability | 0.997026 |
This structure is part of cluster 84280
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 87.84 Mean single sequence MFE: -53.42 Consensus MFE: -47.53 Energy contribution: -47.27 Covariance contribution: -0.25 Mean z-score: -4.23 Structure conservation index: 0.89 SVM decision value: 2.79 SVM RNA-class probability: 0.997026 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/141211259-141211139 GACCCAGUCUGUGUCUUCCCAGAGGGGACCUAGUCGGUCCCCAUCCCCCUACUUCAGGGCAUGUCUCUCCGUAGGGGGAGGGUAUAUGGGGACAUAUUUCUCUCCUAGGGUCCUUGAAG (((((.....((((...(((...(((((((.....))))))).(((((((((...((((.....))))..)))))))))))).))))(((((........)))))..)))))....... ( -54.70) >canFam1.chr2/37412180-37412064 GACCCAGUCAGUGUCUUCCUAGAGGGGACCUAGUUGGUUCCCAACCCCCUACUUCAGAGCAUGUCUCUUGGUAGGGGGAGGGUAUAUGGGGACAUAUUUCCGGGGGUCCCUGAAG .......((((.(.(((((....(((((((.....)))))))..(((((((((..((((.....)))).))))))))).(((.(((((....))))).)))))))).).)))).. ( -55.60) >mm5.chr18/38630144-38630028 GACCCAGUCAGUGUCUUCCUAGAGGGGACCAAGUUGGUCCCCAUCUCUCUACUUCAGAGCAUGUCUGUUAGUAGGGGAAGGGUAUGUGGGGACAUAUUUCCCAGGGUCCCUGAAGA (((((..........(((((((((((((((.....))))))).)))..(((((.((((.....))))..))))))))))(((.(((((....)))))..))).)))))........ ( -51.20) >rn3.chr18/939-823 GACCCAGUCAGUGUCUUCCUAGAGGGGACCAAGUUGGUCCCCAUCUCUCUACUUCAGAGCAUGUCUGUUAGUAGGGGAAGGGUAUGUGGGGACACAUUUCCUAGGGUCCCCGAAGA (((((.........((((((((((((((((.....))))))).)))..(((((.((((.....))))..)))))))))))((.(((((....)))))..))..)))))........ ( -52.20) >consensus GACCCAGUCAGUGUCUUCCUAGAGGGGACCAAGUUGGUCCCCAUCCCCCUACUUCAGAGCAUGUCUCUUAGUAGGGGAAGGGUAUAUGGGGACAUAUUUCCC____AGGGUCCCUGAAG_ (((((..................(((((((.....))))))).(((((((((..((((.....))))...)))))))))(((.(((((....))))).)))......)))))........ (-47.53 = -47.27 + -0.25)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
