Structure #152367

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr5
Strand	-
Position	141,211,179 - 141,211,295
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	90.14
Columns	120
Mean single MFE	-46.3
Consensus MFE	-36.2
Combinations/base pair	41 / 35 = 1.17
SCI	0.78
z-score	-2.78
RNA class probability	0.951875

This structure is part of cluster 84280

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  90.14
 Mean single sequence MFE: -46.30
 Consensus MFE: -36.20
 Energy contribution: -36.45
 Covariance contribution:   0.25
 Mean z-score:  -2.78
 Structure conservation index:   0.78
 SVM decision value:   1.40
 SVM RNA-class probability: 0.951875
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr5/141211295-141211179
AUUUGGCCAGAGGAGAGCCCCCCUCAAACCCAGCCUGACCCAGUCUGUGUCUUCCCAGAGGGGACCUAGUCGGUCCCCAUCCCCCUACUUCAGGGCAUGUCUCUCCGUAGGGGGAG
.(((((...((((........))))..((.(((.(((...))).))).))....)))))(((((((.....))))))).(((((((((...((((.....))))..))))))))). ( -48.40)
>canFam1.chr2/37412220-37412100
AUUUGGCCAGGGGAGACCCCCCCCCCCCCAAACCCAGCCUGACCCAGUCAGUGUCUUCCUAGAGGGGACCUAGUUGGUUCCCAACCCCCUACUUCAGAGCAUGUCUCUUGGUAGGGGGAG
.(((((...((((........))))..)))))....(((((((...))))).)).........(((((((.....)))))))..(((((((((..((((.....)))).))))))))).. ( -50.00)
>mm5.chr18/38630181-38630064
AUUUGGCCAGAGGAGACCCCCCCCUCAAACCCAGCCUGACCCAGUCAGUGUCUUCCUAGAGGGGACCAAGUUGGUCCCCAUCUCUCUACUUCAGAGCAUGUCUGUUAGUAGGGGAAG
...(((...((((.(......)))))....)))(((((((...))))).))((((((((((((((((.....))))))).)))..(((((.((((.....))))..))))))))))) ( -43.40)
>rn3.chr18/974-859
AUUUGGCCAGAGGAGACCCCCCUCAAACCCAGCCUGACCCAGUCAGUGUCUUCCUAGAGGGGACCAAGUUGGUCCCCAUCUCUCUACUUCAGAGCAUGUCUGUUAGUAGGGGAAG
...(((...((((.......))))....)))(((((((...))))).))((((((((((((((((.....))))))).)))..(((((.((((.....))))..))))))))))) ( -43.40)
>consensus
AUUUGGCCAGAGGAGACCCCCCC____UCAAACCCAGCCUGACCCAGUCAGUGUCUUCCUAGAGGGGACCAAGUUGGUCCCCAUCCCCCUACUUCAGAGCAUGUCUCUUAGUAGGGGAAG
.(((((..(((((......)).................(((((...)))))..)))..)))))(((((((.....))))))).(((((((((..((((.....))))...))))))))). (-36.20 = -36.45 +   0.25)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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