Structure #152372

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr5
Strand	+
Position	141,211,259 - 141,211,374
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	90.14
Columns	120
Mean single MFE	-48.62
Consensus MFE	-43.75
Combinations/base pair	40 / 36 = 1.11
SCI	0.9
z-score	-3.22
RNA class probability	0.996637

This structure is part of cluster 84280

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  90.14
 Mean single sequence MFE: -48.62
 Consensus MFE: -43.75
 Energy contribution: -43.12
 Covariance contribution:  -0.62
 Mean z-score:  -3.22
 Structure conservation index:   0.90
 SVM decision value:   2.73
 SVM RNA-class probability: 0.996637
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr5/141211259-141211374
AGGCUGGGUUUGAGGGGGGCUCUCCUCUGGCCAAAUGUCGCCUAUUGGUACAUAAAACUGUACGCGACACAGGCAUUGGGGAGGGGCUUCACAGACCUAGGACCCACAGGGAUAG
...(((((((((..((((.((((((((..(((...(((((((....)(((((......)))))))))))..)))...)))))))).)))).)))))))))..(((...))).... ( -53.40)
>canFam1.chr2/37412180-37412300
AGGCUGGGUUUGGGGGGGGGGGGGUCUCCCCUGGCCAAAUGUCGUCUAUUUGUACAUAAAACUGUACGCGACACAAGGCAUUGGGGAAGGACUUCACAGACCUAGGACCAACAGGGGUGG
...(((((((((........(((((((((((..(((...((((((......(((((......)))))))))))...)))...)))))..)))))).))))))))).(((......))).. ( -45.70)
>mm5.chr18/38630144-38630261
AGGCUGGGUUUGAGGGGGGGGUCUCCUCUGGCCAAAUGUCGCCUAUUGGUACAUAAAACUGUACGCGACACAAGGCAUCGGGGAGGGGUCUCACAGACCUAGGACCAACAAAGCUAG
.((((.((((..(((.((((..(((((((((((...(((((((....)(((((......)))))))))))...)))..))))).)))..))).)...)))..)))).....)))).. ( -46.60)
>rn3.chr18/939-1054
AGGCUGGGUUUGAGGGGGGUCUCCUCUGGCCAAAUGUCGCCUAUUGGUACAUAAAACUGUACGCGACACAAGGCAUUGGGGAGGGAUCUCACAGACCUAGGACCAACAAAGCUAG
.(((((((((((.((((..(((((((..(((...(((((((....)(((((......)))))))))))...)))...)))))))..)))).)))))))))..))........... ( -48.80)
>consensus
AGGCUGGGUUUGA____GGGGGGGUCUCCUCUGGCCAAAUGUCGCCUAUUGGUACAUAAAACUGUACGCGACACAAGGCAUUGGGGAGGGACCUCACAGACCUAGGACCAACAAAGCUAG
.(((((((((((......((((..(((((((..(((...((((((......(((((......)))))))))))...)))...)))))))..)))).)))))))))..))........... (-43.75 = -43.12 +  -0.62)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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