Structure #152377

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr5
Strand	-
Position	141,211,295 - 141,211,409
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	88.56
Columns	120
Mean single MFE	-47.8
Consensus MFE	-40.54
Combinations/base pair	42 / 39 = 1.08
SCI	0.85
z-score	-2.51
RNA class probability	0.979429

This structure is part of cluster 84280

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  88.56
 Mean single sequence MFE: -47.80
 Consensus MFE: -40.54
 Energy contribution: -41.60
 Covariance contribution:   1.06
 Mean z-score:  -2.51
 Structure conservation index:   0.85
 SVM decision value:   1.84
 SVM RNA-class probability: 0.979429
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr5/141211409-141211295
CAAAGGUGGGCAGGGGUUGGCGACAGCACUGGGGACUAUCCCUGUGGGUCCUAGGUCUGUGAAGCCCCUCCCCAAUGCCUGUGUCGCGUACAGUUUUAUGUACCAAUAGGCGAC
......((((.(((((((..(.((((..(((((..((((....))))..)))))..))))).))))))).)))).(((((((...(.(((((......)))))).))))))).. ( -49.20)
>canFam1.chr2/37412336-37412220
CAAAGGUGGGCAGGGGAUAGGUGACAGCACUGGGGACCACCCCUGUUGGUCCUAGGUCUGUGAAGUCCUUCCCCAAUGCCUUGUGUCGCGUACAGUUUUAUGUACAAAUAGACGAC
.......((((((((((.((((.((((.(((.(((((((.......))))))).))))))).)...))))))))..)))))..((((..(((((......))))).....)))).. ( -43.60)
>mm5.chr18/38630301-38630181
CAAAGGUGGGCAGGGGGUGGGUGACAGACAGCACUAGGGACUAGCUUUGUUGGUCCUAGGUCUGUGAGACCCCUCCCCGAUGCCUUGUGUCGCGUACAGUUUUAUGUACCAAUAGGCGAC
.......(((((.((((.(((.(.(..((((.(((.(((((((((...))))))))).)))))))..).)))).))))..)))))...((((((((((......)))))(....)))))) ( -50.90)
>rn3.chr18/1090-974
CAAAGGUGGGCAGGGGGUGGGUGACAGCACUAGAGACUAGCUUUGUUGGUCCUAGGUCUGUGAGAUCCCUCCCCAAUGCCUUGUGUCGCGUACAGUUUUAUGUACCAAUAGGCGAC
.......(((((.((((.((((.((((..((((.(((((((...)))))))))))..)))).)...))).))))..)))))...((((((((((......)))))(....)))))) ( -47.50)
>consensus
CAAAGGUGGGCAGGGGGUGGG____UGACAGCACUAGGGACUAGCCCUGUUGGUCCUAGGUCUGUGAAACCCCUCCCCAAUGCCUUGUGUCGCGUACAGUUUUAUGUACCAAUAGGCGAC
.......((((((((((.(((......((((.(((.(((((((((...))))))))).))))))).....))))))))..)))))...((((((((((......)))))......))))) (-40.54 = -41.60 +   1.06)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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