Structure #152425

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr5
Strand	-
Position	141,211,676 - 141,211,794
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	82.35
Columns	120
Mean single MFE	-43.5
Consensus MFE	-36.55
Combinations/base pair	50 / 37 = 1.35
SCI	0.84
z-score	-1.57
RNA class probability	0.690451

This structure is part of cluster 84280

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  82.35
 Mean single sequence MFE: -43.50
 Consensus MFE: -36.55
 Energy contribution: -35.43
 Covariance contribution:  -1.12
 Mean z-score:  -1.57
 Structure conservation index:   0.84
 SVM decision value:   0.33
 SVM RNA-class probability: 0.690451
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr5/141211794-141211676
GUAGUAUUGGGUGCCCAGCUGGUGGAACAGUGGCCUCAAGGAUUGUCCUGGGUCCUGGAGGUCAGGAUUCGGGCAAGAAGAUUGUAUGAGGCCCAUUUGCUUGGUGGAGAAGGUGGUC
.......(((....)))((((......))))((((((((.((((.((((((((((((.....))))))))))).)....)))).).)))))))(((((.(((....))).)))))... ( -41.00)
>canFam1.chr2/37412726-37412609
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...(((.....(((((((((..((((((....))))))..)))))...((((((((.....)))))))).)))).......))).....((((.((..(...)..))..)))).... ( -41.90)
>mm5.chr18/38630697-38630579
GUAGCAUGAGGUGCCCGGCUAGUGGGGCAGUGGCCUGGAGGGCUGUCCUGGGUCCUGAAGGCUAGGAUCUGGACAAAUAGAUUGUAUGAGGCCCAUCUGCUCAAUGGAGAGGGUAAUC
...........(((((..(((...((((((.(((((.(...(((((((.((((((((.....)))))))))))))........)).).)))))...))))))..)))...)))))... ( -45.10)
>rn3.chr18/1488-1368
GUAGCAUUGAGGUGCCCGGCUAGUGGGGCAGUGGCCUGGGGGGGCUGUCCUGGGUCCUAAAGGUUAGGAUCAGGACAAAAAGAUUGUAUGAGGCCCGUCUGCUCAGUGGGGAGGGGAAUC
...(((....(((.((((((((.((...)).)))))...))).)))(((((((.(((((.....))))))))))))........)))..((..(((.(((.(.....).))).)))..)) ( -46.00)
>consensus
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............(((((..(((...((((((.((((((((.((..(((((.((((((((.....)))))))))))))......)).).)))))))...))))))..)))...)))))... (-36.55 = -35.43 +  -1.12) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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