Structure #152451

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr5
Strand	-
Position	141,211,913 - 141,212,032
Number of sequences	4
Organisms	human, dog, mouse, rat
Mean pairwise identity	79.19
Columns	120
Mean single MFE	-49.38
Consensus MFE	-34.28
Combinations/base pair	50 / 40 = 1.25
SCI	0.69
z-score	-3.37
RNA class probability	0.999642

This structure is part of cluster 84280

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  79.19
 Mean single sequence MFE: -49.38
 Consensus MFE: -34.28
 Energy contribution: -36.15
 Covariance contribution:   1.87
 Mean z-score:  -3.37
 Structure conservation index:   0.69
 SVM decision value:   3.82
 SVM RNA-class probability: 0.999642
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr5/141212032-141211913
ACUUGGCUUGGGGUGACAGUGCUAGGAAGGAGAGCAUUGUUAGGCUGGUAGCCCUGGCAUACGAAGCCCUUCUACAGAGGGGAAGGGGUAGAAUGGGAUGGGGUGGCAGCAGCCAGGUC
((((((((.....((((((((((.........)))))))))).((((.((.(((...(((.(..(.(((((((.......))))))).).).)))....))).)).)))))))))))). ( -48.60)
>canFam1.chr2/37412964-37412845
CCUUGGCUUGGGGUAACAGUGCUGGGAAGGAGAGCAUUGUUAGGCUGGUAGCCUCAGCAUACACAGCCCUUCUAUUGAGGGCAGAGGGUAGAGUGGGCUGAGGUAGCAGCAACCAGGUC
....(((((((..((((((((((.........)))))))))).((((.((.(((((((.(((.(.((((((((......))..)))))).).))).))))))))).))))..))))))) ( -52.70)
>mm5.chr18/38630934-38630816
UUUGUGUUUGGGGUAACAGUGCUGGGAAGGGGUGCACUGUUAGGGUGGUGGCCCUGACUUCUACAGCCCUUCUAUGGAGGGCAGUGGGUAGGGUGGCUAAGGUGACAACAGCCAGGUC
......(((((..(((((((((...........)))))))))...((((.((((((...(((((.((((((.....)))))).))))))))))).)))).(....).....))))).. ( -46.90)
>rn3.chr18/1721-1607
CUUGUGUUUGGGGUAACAGUGCUGGAAUGCACUGUUAGGGUGGUGGCCCUGGCAUCUACAGCCCUUCUAUGGAGGGCAGUGGGGUAGGGUGGCUAAGGUGACAACAGCCAGGUC
......(((((..(((((((((......)))))))))...((((.((((((.(.(((((.((((((.....)))))).)))))))))))).)))).(....).....))))).. ( -49.30)
>consensus
CCUGGGCUUGGGGUAACAGUGCUGGGAAGGAGAGCACUGUUAGGCUGGUAGCCCUGGCAUACACAGCCCUUCUAUGGAGGGCAG_GGGGUAGAGUGG_CUAAGGUGACAACAGCCAGGUC
....(((((((..(((((((((...........))))))))).((((.(.((((((((.(((((.((((((.....))))))......)))))....)))))))).)))))..))))))) (-34.28 = -36.15 +   1.87)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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