Structure #153996
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | + |
Position | 159,206,973 - 159,207,093 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 80.33 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -39.83 |
Consensus MFE | -29.44 |
Combinations/base pair | 39 / 29 = 1.34 |
SCI | 0.74 |
z-score | -1.94 |
RNA class probability | 0.891888 |
This structure is part of cluster 85234
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 80.33 Mean single sequence MFE: -39.83 Consensus MFE: -29.44 Energy contribution: -30.00 Covariance contribution: 0.56 Mean z-score: -1.94 Structure conservation index: 0.74 SVM decision value: 0.97 SVM RNA-class probability: 0.891888 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/159206973-159207093 ACUUAUUUUCUUAGCUGAUCGGUAGCAGCAGCCCAGCUGGCUCAUACCUCAAAGGCAGGAAUUCCUCCUCUAGCUCAUCAGCACUAAUUUGUGCCAAGGAGCCAGGGAGGGGACAGACUC .......(((((.(((....((((..((((((...))).)))..)))).....))))))))(((((((.((.((((....((((......))))....)))).)))))))))........ ( -40.70) >mm5.chr11/78079805-78079688 AGUUAUUUUCUUAGCCGAUCUGCAACAGCCCUGCUGGCUCCUACCUCAAAGGCAAAGAUUCCUCCUCUAGUUUGUUGGCACUGGUUUGUGCCAAGGAUCCAGAGAGAGGACAGGCUC ((((....((((.(((..........((((.....))))...........))).)))).(((((((((.(.((.(((((((......))))))).)).).)))).)))))..)))). ( -39.20) >rn3.chr10/81689690-81689573 AGUUAUUUUCUUAGCUGAUCUGCAACAGCCCAGCUGGCUCAUACCUCAAAGGCAAAGAUUCCUCCUCUAGUUUGUUGGCACUGAUUUGUGCCAAGGAUCCAGAGAAAGGACAGGCUC ...........((((((..(((...)))..))))))(((....((.....)).......((((.((((.(.((.(((((((......))))))).)).).))))..))))..))).. ( -32.70) >canFam1.chr4/37365404-37365285 ACUUCUUUCCUUAGCUGAUCUGUGGCAGCCACUCAGUUGGCUCAUGCCUCCAGGGCAGAAAUUCCUUCCCUAGUUCAUUGGCACUGGUGUCUGCCAAGGGGCUGGGAAGGGGCAUGCUC ..((((.((((.((((((...((((...))))))))))(((....)))...)))).)))).(((((((((.(((((.((((((........)))))).))))))))))))))....... ( -46.70) >consensus ACUUAUUUUCUUAGCUGAUCU___GCAACAGCCCAGCUGGCUCAUACCUCAAAGGCAAAAAUUCCUCCUCUAGUUCAUUGGCACUGAUUUGUGCCAAGGAGCCAGAGAAAGGACAGGCUC ............((((..............(((.....((......)).....)))......(((((((((.((((.(((((((......))))))).)))).)))).)))))..)))). (-29.44 = -30.00 + 0.56)