Structure #154000
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | - |
Position | 159,206,973 - 159,207,093 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 80.33 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -42.45 |
Consensus MFE | -32 |
Combinations/base pair | 48 / 35 = 1.37 |
SCI | 0.75 |
z-score | -2.5 |
RNA class probability | 0.990783 |
This structure is part of cluster 85234
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 80.33 Mean single sequence MFE: -42.45 Consensus MFE: -32.00 Energy contribution: -32.00 Covariance contribution: 0.00 Mean z-score: -2.50 Structure conservation index: 0.75 SVM decision value: 2.23 SVM RNA-class probability: 0.990783 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/159207093-159206973 GAGUCUGUCCCCUCCCUGGCUCCUUGGCACAAAUUAGUGCUGAUGAGCUAGAGGAGGAAUUCCUGCCUUUGAGGUAUGAGCCAGCUGGGCUGCUGCUACCGAUCAGCUAAGAAAAUAAGU ...(((((((((((((((((((.(..((((......))))..).))))))).)))))..(((.((((.....)))).)))......)))).((((........))))..)))........ ( -45.70) >mm5.chr11/78079688-78079805 GAGCCUGUCCUCUCUCUGGAUCCUUGGCACAAACCAGUGCCAACAAACUAGAGGAGGAAUCUUUGCCUUUGAGGUAGGAGCCAGCAGGGCUGUUGCAGAUCGGCUAAGAAAAUAACU .......(((((.((((((....(((((((......)))))))....))))))))))).((((.(((...((.((((.((((.....)))).))))...))))).))))........ ( -45.70) >rn3.chr10/81689573-81689690 GAGCCUGUCCUUUCUCUGGAUCCUUGGCACAAAUCAGUGCCAACAAACUAGAGGAGGAAUCUUUGCCUUUGAGGUAUGAGCCAGCUGGGCUGUUGCAGAUCAGCUAAGAAAAUAACU (.((...(((((.((((((....(((((((......)))))))....))))))))))).((..((((.....)))).)))))(((((..(((...)))..)))))............ ( -38.60) >canFam1.chr4/37365285-37365404 GAGCAUGCCCCUUCCCAGCCCCUUGGCAGACACCAGUGCCAAUGAACUAGGGAAGGAAUUUCUGCCCUGGAGGCAUGAGCCAACUGAGUGGCUGCCACAGAUCAGCUAAGGAAAGAAGU .........(((((((((..(.((((((........)))))).)..)).))))))).((((((..(((...(((....))).......((((((........)))))))))..)))))) ( -39.80) >consensus GAGCCUGUCCCCUCCCUGGAUCCUUGGCACAAACCAGUGCCAACAAACUAGAGGAGGAAUCUCUGCCUUUGAGGUAUGAGCCAGCUGGGCUGCUGC___AGAUCAGCUAAGAAAAUAACU .(((((...((((((((((.((.(((((((......))))))).)).))))))))))...(((((((.....)))).)))......)))))((((........))))............. (-32.00 = -32.00 + 0.00)