Structure #154257
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | + |
Position | 163,580,251 - 163,580,360 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish |
Mean pairwise identity | 71.66 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -31.92 |
Consensus MFE | -25.84 |
Combinations/base pair | 41 / 27 = 1.52 |
SCI | 0.81 |
z-score | -3.22 |
RNA class probability | 0.983396 |
This structure is part of cluster 85396
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 71.66 Mean single sequence MFE: -31.92 Consensus MFE: -25.84 Energy contribution: -25.77 Covariance contribution: -0.07 Mean z-score: -3.22 Structure conservation index: 0.81 SVM decision value: 1.94 SVM RNA-class probability: 0.983396 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/163580251-163580360 AAUAAUAACCUCUGUAUAUAGUGUUUUCACAGGAUUAAUGGCUGGUUGGGGUUAAUGUCUCUCAGCUAUGCCAUGGGCCAUCAACUCUUUUCAGCUGGCCAUUAAUCCC ....................(((....))).(((((((((((..(((((((((.(((.(((...((...))...))).))).)))))....))))..))))))))))). ( -36.50) >canFam1.chr4/41066092-41065983 AAUAAUAACUUCUGUAUAUAGUGUUUUCACAGGAUUAAUGGCUGGUUAGGGUUAAUGGCUCUCAGCUAUGCCAUGGGCCAUCAACUCUUUUCAGUUGGCCAUUAAUCCC ....................(((....))).((((((((((((..((((((((.(((((((...((...))...))))))).))))))....))..)))))))))))). ( -39.20) >mm5.chr11/82139464-82139355 AAUAAUAACCGACAUAUAUAGUGUUUUCAAAGGAUUAAUGGUUAGUUGGGGUUAAUGGCUCUCAGCUAUGCCAUGGGCCAUCAACUCUUCUCACUUGGCCAUCAAUCCC ..........(((((.....)))))......(((((.(((((((((.((((((.(((((((...((...))...))))))).))))))....)).))))))).))))). ( -32.80) >rn3.chr10/85779923-85779814 AAUAAUAACCUAUGUAUAUAGUGUUUUCAGUGGAUUAAUGGUUAGUUGGGGUUAAUGGUCCUCAGCUAUGCCAUGGGCCAUCAACUCUUCUCACUUGGCCAUCAAUCCC ......(((((((....)))).)))......(((((.(((((((((.((((((.(((((((...((...))...))))))).))))))....)).))))))).))))). ( -32.60) >galGal2.chr13/3120006-3120121 AAUAGAAGUAACAACCUCAUCAUGAAGCAUUUCCUAAAGAUUAAUGAACAAAUGAAGUAAAUGGCCCUAGGCUAUAUUUUGGGACAUCAACUUCUCCCAAGUGGUCAUUAAUCCC ....((.((....)).))....................(((((((((.((..........((((((...))))))..(((((((.(......).))))))))).))))))))).. ( -23.00) >danRer1.chrNA/107870603-107870489 AAUACCAACAAUAACGUCACAAAUGGGCAUUUCAGGAGAUUAAUGGUAGACCGAAGCUAAUAGCCUUUGGCUGACUCUCCAGCCAUCAGCUUUUCCCAGCUGCUCAUUAAUUCC .....................((((((((.....(((((....(((....)))........(((...((((((......))))))...))))))))....))))))))...... ( -27.40) >consensus AA______UAAUAAC_____CUCUGUAUAUAGUGUUUUCAAAGGAUUAAUGGUUAGUUGGGGUUAAUGGCCCUCAGCUAUGCCAUGGGCCAUCAACUCUUCUCAGUUGGCCAUUAAUCCC ..........................................((((((((((((((..((((((.(((((((.............))))))).))))))......)))))))))))))). (-25.84 = -25.77 + -0.07)