Structure #154258

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr5
Strand	-
Position	163,580,251 - 163,580,360
Number of sequences	6
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish
Mean pairwise identity	71.66
Columns	120
Mean single MFE	-31.39
Consensus MFE	-18.74
Combinations/base pair	40 / 28 = 1.43
SCI	0.6
z-score	-2.43
RNA class probability	0.994606

This structure is part of cluster 85396

Alignment

[Download Clustal]

RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  71.66
 Mean single sequence MFE: -31.39
 Consensus MFE: -18.74
 Energy contribution: -18.55
 Covariance contribution:  -0.19
 Mean z-score:  -2.43
 Structure conservation index:   0.60
 SVM decision value:   2.49
 SVM RNA-class probability: 0.994606
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr5/163580360-163580251
GGGAUUAAUGGCCAGCUGAAAAGAGUUGAUGGCCCAUGGCAUAGCUGAGAGACAUUAACCCCAACCAGCCAUUAAUCCUGUGAAAACACUAUAUACAGAGGUUAUUAUU
((((((((((((...((....)).((((((((((...))).....(....).)))))))........))))))))))))((((.(((.((........))))).)))). ( -28.30)
>canFam1.chr4/41065983-41066092
GGGAUUAAUGGCCAACUGAAAAGAGUUGAUGGCCCAUGGCAUAGCUGAGAGCCAUUAACCCUAACCAGCCAUUAAUCCUGUGAAAACACUAUAUACAGAAGUUAUUAUU
((((((((((((...((....)).(((((((((.(.((((...)))).).)))))))))........))))))))))))((....))...................... ( -35.10)
>mm5.chr11/82139355-82139464
GGGAUUGAUGGCCAAGUGAGAAGAGUUGAUGGCCCAUGGCAUAGCUGAGAGCCAUUAACCCCAACUAACCAUUAAUCCUUUGAAAACACUAUAUAUGUCGGUUAUUAUU
(((((((((((...(((.....(.(((((((((.(.((((...)))).).))))))))))...)))..))))))))))).............................. ( -29.50)
>rn3.chr10/85779814-85779923
GGGAUUGAUGGCCAAGUGAGAAGAGUUGAUGGCCCAUGGCAUAGCUGAGGACCAUUAACCCCAACUAACCAUUAAUCCACUGAAAACACUAUAUACAUAGGUUAUUAUU
.((((((((((...(((.....(.((((((((.((.((((...)))).)).)))))))))...)))..))))))))))..(((.(((.((((....))))))).))).. ( -31.90)
>galGal2.chr13/3120121-3120006
GGGAUUAAUGACCACUUGGGAGAAGUUGAUGUCCCAAAAUAUAGCCUAGGGCCAUUUACUUCAUUUGUUCAUUAAUCUUUAGGAAAUGCUUCAUGAUGAGGUUGUUACUUCUAUU
(((((((((((((....))..(((((.((((.(((.............))).)))).)))))......)))))))))))(((((...(((((.....)))))......))))).. ( -30.22)
>danRer1.chrNA/107870489-107870603
GGAAUUAAUGAGCAGCUGGGAAAAGCUGAUGGCUGGAGAGUCAGCCAAAGGCUAUUAGCUUCGGUCUACCAUUAAUCUCCUGAAAUGCCCAUUUGUGACGUUAUUGUUGGUAUU
((((((((((..(((((......)))))..((((((((....((((...)))).....))))))))...))))))).)))...((((((.......((((....)))))))))) ( -33.31)
>consensus
GGGAUUAAUGGCCAACUGAGAAGAGUUGAUGGCCCAUGGCAUAGCUGAGAGCCAUUAACCCCAACCAACCAUUAAUCCUCUGAAAACACUAUAUACAGAG_____GUUAUUA______UU
(((((((((((.....((....(.(((((((((.(.((((...)))).).))))))))).))).....)))))))))))......................................... (-18.74 = -18.55 +  -0.19)

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

[PS | PDF]

Montain plot

Secondary structure

[PS | PDF]

Dotplot

Secondary structure

[PS | PDF]