Structure #154259

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr5
Strand	+
Position	163,580,280 - 163,580,400
Number of sequences	6
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken, zebrafish
Mean pairwise identity	75.11
Columns	120
Mean single MFE	-34.38
Consensus MFE	-25.84
Combinations/base pair	41 / 27 = 1.52
SCI	0.75
z-score	-2.48
RNA class probability	0.990145

This structure is part of cluster 85396

Alignment

[Download Clustal]

RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 6
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  75.11
 Mean single sequence MFE: -34.38
 Consensus MFE: -25.84
 Energy contribution: -25.77
 Covariance contribution:  -0.07
 Mean z-score:  -2.48
 Structure conservation index:   0.75
 SVM decision value:   2.20
 SVM RNA-class probability: 0.990145
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr5/163580280-163580400
CAGGAUUAAUGGCUGGUUGGGGUUAAUGUCUCUCAGCUAUGCCAUGGGCCAUCAACUCUUUUCAGCUGGCCAUUAAUCCCCAGGAAAUGCCUUGUACCUCAAUCAUUAUGGCUUAAUUAG
..(((((((((((..(((((((((.(((.(((...((...))...))).))).)))))....))))..)))))))))))(((...((((..(((.....))).)))).)))......... ( -37.50)
>canFam1.chr4/41066132-41066012
CAGGAUUAAUGGCUGGUUAGGGUUAAUGGCUCUCAGCUAUGCCAUGGGCCAUCAACUCUUUUCAGUUGGCCAUUAAUCCCCAGGAAAUGCCUUGUACCUCAAUCAUUAUGGUUUAAUUAG
..((((((((((((..((((((((.(((((((...((...))...))))))).))))))....))..))))))))))))(((...((((..(((.....))).)))).)))......... ( -40.40)
>mm5.chr11/82139504-82139384
AAGGAUUAAUGGUUAGUUGGGGUUAAUGGCUCUCAGCUAUGCCAUGGGCCAUCAACUCUUCUCACUUGGCCAUCAAUCCCCAGGAAAUGUCUUGUACUUCAAUCAUUAUGGCUUAAUUAG
..(((((.(((((((((.((((((.(((((((...((...))...))))))).))))))....)).))))))).)))))(((...((((..(((.....))).)))).)))......... ( -34.60)
>rn3.chr10/85779963-85779843
GUGGAUUAAUGGUUAGUUGGGGUUAAUGGUCCUCAGCUAUGCCAUGGGCCAUCAACUCUUCUCACUUGGCCAUCAAUCCCCAGGAAAUGUCUUGUACUUCAAUCAUUAUGGCUUAAUUAG
..(((((.(((((((((.((((((.(((((((...((...))...))))))).))))))....)).))))))).)))))(((...((((..(((.....))).)))).)))......... ( -34.70)
>galGal2.chr13/3120041-3120154
AAAGAUUAAUGAACAAAUGAAGUAAAUGGCCCUAGGCUAUAUUUUGGGACAUCAACUUCUCCCAAGUGGUCAUUAAUCCCCAGGAAGCCUCUGCCUGAGUCAUCAGUGCUUAG
...(((((((((.((..........((((((...))))))..(((((((.(......).))))))))).)))))))))..........((..((((((....)))).))..)) ( -29.20)
>danRer1.chrNA/107870643-107870523
GGAGAUUAAUGGUAGACCGAAGCUAAUAGCCUUUGGCUGACUCUCCAGCCAUCAGCUUUUCCCAGCUGCUCAUUAAUUCCCAGAAAAUGUCAUACAUUGCCAUCAUUAUUGUUUAAUUAA
((..(((((((((((...((((.....(((...((((((......))))))...)))))))....)))).)))))))..)).(..((((.....))))..)................... ( -29.90)
>consensus
AAGGAUUAAUGGUUAGUUGGGGUUAAUGGCCCUCAGCUAUGCCAUGGGCCAUCAACUCUUCUCAGUUGGCCAUUAAUCCCCAGGAAAUGUCUUGUACCUCAAUCAUUAUGGCUUAAUUAG
..((((((((((((((..((((((.(((((((.............))))))).))))))......))))))))))))))......................................... (-25.84 = -25.77 +  -0.07) 

	

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

[PS | PDF]

Montain plot

[PS | PDF]

Dotplot

[PS | PDF]