Structure #155086
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | + |
Position | 168,127,712 - 168,127,813 |
Number of sequences | 6 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, fugu |
Mean pairwise identity | 74.42 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -40.88 |
Consensus MFE | -27.88 |
Combinations/base pair | 32 / 27 = 1.19 |
SCI | 0.68 |
z-score | -1.89 |
RNA class probability | 0.975755 |
This structure is part of cluster 85871
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 74.42 Mean single sequence MFE: -40.88 Consensus MFE: -27.88 Energy contribution: -29.22 Covariance contribution: 1.34 Mean z-score: -1.89 Structure conservation index: 0.68 SVM decision value: 1.76 SVM RNA-class probability: 0.975755 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/168127712-168127813 CGGUGGCGGGCCAUGCUGCAGGAGAGCACGGUGCUUUCCGCGGUGCUUGACAGAACCAUGUUCCGUUUCCAUCGUUCCACCACAUGGUUAGAUCAAGCACA (((..(((.....)))..).(((((((.....))))))).))((((((((...((((((((....................))))))))...)))))))). ( -39.35) >canFam1.chr4/45152422-45152321 UGGUGGCGGGCCAUGCUGCAGGAGAGCGCGGUGCUUUCCGCGGUGCUUGACAGAACCAUGUUCCGUUUCCAUCGUUCCACCACAUGGUUAGAUCAAGCACA ..((((....))))(((((.(((((((.....))))))))))))((((((...((((((((....................))))))))...))))))... ( -38.25) >mm5.chr11/86351089-86350970 UGGUGGUGGCGGCGGCGGUGGCAGCAGGCCAUGCUGCAGGAGAGAGCGAUGCUUUCCGCGGUGCUUGACAGAACCAUGUUCCGUUUCCAUCGUUCCACCACAUGGUUAGAUCAAGCACA ........(((((((((.((((.....))))))))))....((((((...))))))))).((((((((...((((((((....................))))))))...)))))))). ( -46.55) >rn3.chr10/90244847-90244737 UGGCGGCGGCGGCGGUGGGCCAUGCUGCAGGAGAGAGCGAUGCUUUCCGCGGUGCUUGACAGAACCAUGUUCCGUUUCCAUCGUUCCACCACAUGGUUAGAUCAAGCACA ..((((((..(((.....))).)))))).((((((.......))))))...((((((((...((((((((....................))))))))...)))))))). ( -43.05) >galGal2.chr13/4990662-4990758 GCAUGCCAUGCGGCAGGGAGUAUGCAGCCUUCCAUGGUGCUUGACAGAACCAUGUUCAAUUUGUAUUGUUCUACCACAUGGUUAGAUCAAGCACA ...((((....))))(((((........)))))...((((((((...((((((((.((((....)))).......))))))))...)))))))). ( -33.30) >fr1.chrUn/115040975-115041074 GCUGGGAGGGGCAGGUGGGUGUGUGCUCAGCGGUCCCUGGCGCUUGACGGAACCAUGUGAUGUCACAAUAGGCGGGGCCACAUGGUUAGAUCAAGCACA (((...((((((.(.(((((....))))).).)))))))))((((((...(((((((((.((((......))))....)))))))))...))))))... ( -44.80) >consensus UGGUG__________________GCGGGCCAUGCUGCAGGAGAGAGCGAUGCUUUCCGCGGUGCUUGACAGAACCAUGUUCCGUUUCCAUC_GUUCCACCACAUGGUUAGAUCAAGCACA .......................((((......)))).(((((((.....)))))))...((((((((...((((((((.....................))))))))...)))))))). (-27.88 = -29.22 + 1.34)