Structure #155091
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr5 |
| Strand | - |
| Position | 168,127,712 - 168,127,813 |
| Number of sequences | 6 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, fugu |
| Mean pairwise identity | 74.42 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -37.99 |
| Consensus MFE | -24.63 |
| Combinations/base pair | 26 / 21 = 1.24 |
| SCI | 0.65 |
| z-score | -2.17 |
| RNA class probability | 0.985951 |
This structure is part of cluster 85871
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 6 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 74.42 Mean single sequence MFE: -37.99 Consensus MFE: -24.63 Energy contribution: -24.72 Covariance contribution: 0.09 Mean z-score: -2.17 Structure conservation index: 0.65 SVM decision value: 2.02 SVM RNA-class probability: 0.985951 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/168127813-168127712 UGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUGGAACGAUGGAAACGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGAAAGCACCGUGCUCUCCUGCAGCAUGGCCCGCCACCG .(((((((((..(((((((((......)..((....))..))))))))..))))))))).((((......((((((((....).))))))).))))..... ( -39.70) >canFam1.chr4/45152321-45152422 UGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUGGAACGAUGGAAACGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGAAAGCACCGCGCUCUCCUGCAGCAUGGCCCGCCACCA .(((((((((..(((((((((......)..((....))..))))))))..))))))))).(((((.(((.....))).))).))....(((....)))... ( -37.40) >mm5.chr11/86350970-86351089 UGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUGGAACGAUGGAAACGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGAAAGCAUCGCUCUCUCCUGCAGCAUGGCCUGCUGCCACCGCCGCCGCCACCACCA .(((((((((..(((((((((......)..((....))..))))))))..))))))))).((((...((...((((......).))).((((.....))))..))..))))........ ( -42.30) >rn3.chr10/90244737-90244847 UGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUGGAACGAUGGAAACGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGAAAGCAUCGCUCUCUCCUGCAGCAUGGCCCACCGCCGCCGCCGCCA .(((((((((..(((((((((......)..((....))..))))))))..))))))))).((((...((...((((......).)))..(((.....)))))..)))).. ( -41.70) >galGal2.chr13/4990758-4990662 UGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUAGAACAAUACAAAUUGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCAUGGAAGGCUGCAUACUCCCUGCCGCAUGGCAUGC .(((((((((..((((((((.(((......))).......))))))))..)))))))))((((....((.(((.......))).))....)))). ( -32.20) >fr1.chrUn/115041074-115040975 UGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGCCCCGCCUAUUGUGACAUCACAUGGUUCCGUCAAGCGCCAGGGACCGCUGAGCACACACCCACCUGCCCCUCCCAGC .(((((((((..((((((((((...(((.....)))...))))))))))..)))))))))..((((..((.................))...))))... ( -34.63) >consensus UGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUGGAAC_GAUGGAAACGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGAAAGCACCGCACUCUCCUGCAGCAUGGCCCGC__________________CACCA .(((((((((..((((((((.....................))))))))..))))))))).((((......))))............................................. (-24.63 = -24.72 + 0.09)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
