Structure #155097
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr5 |
| Strand | - |
| Position | 168,127,734 - 168,127,850 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken, fugu |
| Mean pairwise identity | 77.21 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -47.76 |
| Consensus MFE | -40.28 |
| Combinations/base pair | 38 / 28 = 1.36 |
| SCI | 0.84 |
| z-score | -3.49 |
| RNA class probability | 0.999209 |
This structure is part of cluster 85871
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + q Mean pairwise identity: 77.21 Mean single sequence MFE: -47.76 Consensus MFE: -40.28 Energy contribution: -38.92 Covariance contribution: -1.36 Mean z-score: -3.49 Structure conservation index: 0.84 SVM decision value: 3.44 SVM RNA-class probability: 0.999209 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/168127850-168127734 GACCUUGACUCUGACCAGUCGCUGCGGGGCUUUCCUUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUGGAACGAUGGAAACGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGAAAGCACCGUGCUCU ......((((......))))((.((((.(((((((...(((((((((..(((((((((......)..((....))..))))))))..)))))))))...))))))).))))))... ( -49.10) >canFam1.chr4/45152343-45152459 GACCUUGACUCUGACCAGUCGCCGCGGGGCUUUCCUUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUGGAACGAUGGAAACGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGAAAGCACCGCGCUCU ......((((......))))((.((((.(((((((...(((((((((..(((((((((......)..((....))..))))))))..)))))))))...))))))).))))))... ( -51.00) >mm5.chr11/86351010-86351126 GACCUUGACUCUGACCAGUUGCCGCGGGGCUUUCCUUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUGGAACGAUGGAAACGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGAAAGCAUCGCUCUCU ......((((......))))...(((..(((((((...(((((((((..(((((((((......)..((....))..))))))))..)))))))))...)))))))..)))..... ( -44.30) >galGal2.chr13/4990792-4990679 AACUCUGACUCUGGCUGUCCAUGGGGUUUUCCUUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUAGAACAAUACAAAUUGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCAUGGAAGGCUGCAUACUC ......(((.......))).(((.((((((((...(((((((((..((((((((.(((......))).......))))))))..)))))))))...)))))))).))).... ( -40.90) >fr1.chrUn/115041112-115040994 GUGGACCUGCAUUCUGAUUGGCUCGCGCGGCUGUCUCUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGCCCCGCCUAUUGUGACAUCACAUGGUUCCGUCAAGCGCCAGGGACCGCUGAGCACACA (((((((..(.....)...)).))((.((((.((((((.(((((((((..((((((((((...(((.....)))...))))))))))..))))))))).)))))).)))).)).))). ( -53.50) >consensus ___GACCUUGACUCUGACCAGUCGCCGCGGGGCUUUCCUUUGUGCUUGAUCUAACCAUGUGGUGGAAC_GAUGGAAACGGAACAUGGUUCUGUCAAGCACCGCGGAAAGCACCGCACUCU ..........................((((.(((((((...(((((((((..((((((((.....................))))))))..)))))))))...))))))).))))..... (-40.28 = -38.92 + -1.36)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
