Structure #155577
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | + |
Position | 170,629,369 - 170,629,489 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 92.78 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -31.98 |
Consensus MFE | -28.92 |
Combinations/base pair | 38 / 36 = 1.06 |
SCI | 0.9 |
z-score | -2.51 |
RNA class probability | 0.985892 |
This structure is part of cluster 86084
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 92.78 Mean single sequence MFE: -31.98 Consensus MFE: -28.92 Energy contribution: -29.05 Covariance contribution: 0.13 Mean z-score: -2.51 Structure conservation index: 0.90 SVM decision value: 2.02 SVM RNA-class probability: 0.985892 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/170629369-170629489 UUGCUGCUUUAUAACUUGAGGUUUCAGUUUUCAAGGCAUCUGUGUCGGUUAAGUAAUGCCUAACCCUAUUAAAAGGAAUGGAUUACAAAUUGCUUAACAGUGCUGAAAAACUAGACCCUA ...................(((((.((((((...((((.((((...(((...(((((.((....(((......)))...))))))).....)))..))))))))..)))))))))))... ( -27.30) >canFam1.chr4/47311379-47311259 UGGCUGCUUUAUAACUCGAGGUUUCAGUUUUCAAGGCAUCUGUUUCGGUUAAGUAAUGCCUAACCCUAUUAAAAGAAAUGGGUUACAAAUUGCUUAACAGUGCUGAAAAACUAGACCCUA ...................(((((.((((((...(((((........((((((((((...((((((.(((......)))))))))...)))))))))).)))))..)))))))))))... ( -31.30) >mm5.chr11/88513229-88513111 UUGCUGCUUCAUAACUGAGGUCUCAGUUUUCAAGGCAUCUGUGUCAUUAAGUAAUGCCUAACCCUAUUAAAAGGAAUGGGUUACAAAUUGCUUAACAGUGCUGAAAAACUAGACCCUA ..................(((((.((((((...((((.((((.....((((((((...((((((.(((......)))))))))...))))))))))))))))..)))))))))))... ( -34.30) >galGal2.chr13/6218759-6218879 UUGCUGCUUCGUAACCAGCGGUUUCGGUUUUCAAGACAUCUGUGUCGGUUAAGUAAUGCAUAACCCUAUUAAAAGCAAUGGGUUACAAAUUGCUUAACAGUGCUGAAAAACUAGACCCUA ..((((.........))))(((((.(.((((((.((((....)))).((((((((((...((((((.............))))))...)))))))))).....)))))).).)))))... ( -35.02) >consensus UUGCUGCUUCAUAACUUGAGGUUUCAGUUUUCAAGGCAUCUGUGUCGGUUAAGUAAUGCCUAACCCUAUUAAAAGGAAUGGGUUACAAAUUGCUUAACAGUGCUGAAAAACUAGACCCUA ...................(((((.((((((...((((.((((......((((((((...((((((.(((......)))))))))...))))))))))))))))..)))))))))))... (-28.92 = -29.05 + 0.13)