Structure #155585
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr5 |
| Strand | - |
| Position | 170,629,409 - 170,629,529 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
| Mean pairwise identity | 95 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -27.06 |
| Consensus MFE | -25.1 |
| Combinations/base pair | 42 / 38 = 1.11 |
| SCI | 0.93 |
| z-score | -2.24 |
| RNA class probability | 0.999509 |
This structure is part of cluster 86084
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 95.00 Mean single sequence MFE: -27.06 Consensus MFE: -25.10 Energy contribution: -24.86 Covariance contribution: -0.24 Mean z-score: -2.24 Structure conservation index: 0.93 SVM decision value: 3.67 SVM RNA-class probability: 0.999509 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/170629529-170629409 GCUGACAAACCCUCUCUAAACUCCAAGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAAUCCAUUCCUUUUAAUAGGGUUAGGCAUUACUUAACCGACACA (((((.((((...(((((((((............)))..))))))....)))).))))).((((((((.....((.....)).....))))))))(((((((.....)))))))...... ( -25.60) >canFam1.chr4/47311299-47311419 GCUGACAAAUCCUCUCUAAACUCCAAGCACAACUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACCCAUUUCUUUUAAUAGGGUUAGGCAUUACUUAACCGAAACA (((((.((((...(((((((((...((.....)))))..))))))....)))).))))).(.((((((.(((.(.(((((((((......))).)))))).).))).)))))).)..... ( -27.20) >mm5.chr11/88513150-88513269 GCUGACAAACCCUCUCUAAACUCCAGGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACCCAUUCCUUUUAAUAGGGUUAGGCAUUACUUAAUGACACA (((((.((((...((((((......(((.......))).))))))....)))).)))))...((((((.(((.(.(((((((((......))).)))))).).))).))))))...... ( -26.60) >rn3.chr10/92593355-92593474 GCUGACAAGGCCUCUCUAAACUCCAGGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACCCAUUCCUUUUAAUAGGGUUAGGCAUUACUUAAUGACACA (((((....((((...........))))..((((((.(......).))))))..)))))...((((((.(((.(.(((((((((......))).)))))).).))).))))))...... ( -26.70) >galGal2.chr13/6218918-6218799 GCUGACAAACCUCUCUAAACUCAACGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACCCAUUGCUUUUAAUAGGGUUAUGCAUUACUUAACCGACACA (((((.((((..(((((((((............)))..))))))....)))).))))).(.((((((.(((.((((((((((((....)))).)))))))).))).)))))).)..... ( -29.20) >consensus GCUGACAAACCCUCUCUAAACUCCAAGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACCCAUUCCUUUUAAUAGGGUUAGGCAUUACUUAACCGACACA (((((.((((...(((((((((............)))..))))))....)))).))))).(.((((((.(((.(.(((((((((......))).)))))).).))).)))))).)..... (-25.10 = -24.86 + -0.24)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
