Structure #155593
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | - |
Position | 170,629,449 - 170,629,568 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 93.97 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -23.24 |
Consensus MFE | -20.78 |
Combinations/base pair | 36 / 32 = 1.12 |
SCI | 0.89 |
z-score | -1.22 |
RNA class probability | 0.677345 |
This structure is part of cluster 86084
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 93.97 Mean single sequence MFE: -23.24 Consensus MFE: -20.78 Energy contribution: -20.82 Covariance contribution: 0.04 Mean z-score: -1.22 Structure conservation index: 0.89 SVM decision value: 0.30 SVM RNA-class probability: 0.677345 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/170629568-170629449 AAAUAAUUGCAGUAUCAUUGCAUCAGUUUAGUUUAAAGAGCUGACAAACCCUCUCUAAACUCCAAGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAAUC .....(((((((((....))).........((((((((.(((((.((((...(((((((((............)))..))))))....)))).))))).)).))))))....)))))). ( -23.20) >canFam1.chr4/47311339-47311453 AAAUAAUUGCAGUAUCAUUGCAUCAGUUUAAAGAGCUGACAAAUCCUCUCUAAACUCCAAGCACAACUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACC .......((((((...))))))...((((((((.(((((.((((...(((((((((...((.....)))))..))))))....)))).))))).)).))))))........... ( -21.20) >mm5.chr11/88513189-88513308 AAAUAAUUGCAGUAUCACUGCAUCCGUUUAGUUUAAAGAGCUGACAAACCCUCUCUAAACUCCAGGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACC ((((...(((((.....)))))...)))).((((((((.(((((.((((...((((((......(((.......))).))))))....)))).))))).)).))))))........... ( -26.00) >rn3.chr10/92593394-92593513 AAAUAAUUACGGUAUCAUUGCAUCAGUUUAGUUUAAAGAGCUGACAAGGCCUCUCUAAACUCCAGGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACC ......((((((....(((((........((((((.((((((.....)).)))).)))))).(((((..((((((.(......).)))))).....)).)))....))))))))))).. ( -22.40) >galGal2.chr13/6218958-6218839 AAAUAAUUGCAGUUAUCAUUGCAUCAGUUUAGUUUAAAGAGCUGACAAACCUCUCUAAACUCAACGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACC ((((...((((((....))))))...)))).((((((((.(((((.((((..(((((((((............)))..))))))....)))).))))).)).))))))........... ( -23.40) >consensus AAAUAAUUGCAGU_AUCAUUGCAUCAGUUUAGUUUAAAGAGCUGACAAACCCUCUCUAAACUCCAAGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACC .......((((((....))))))........((((((((.(((((.((((...(((((((((............)))..))))))....)))).))))).)).))))))........... (-20.78 = -20.82 + 0.04)