Structure #155593

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr5
Strand -
Position 170,629,449 - 170,629,568
Number of sequences 5
Organisms human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity 93.97
Columns 120
Mean single MFE -23.24
Consensus MFE -20.78
Combinations/base pair 36 / 32 = 1.12
SCI 0.89
z-score -1.22
RNA class probability 0.677345

This structure is part of cluster 86084

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  93.97
 Mean single sequence MFE: -23.24
 Consensus MFE: -20.78
 Energy contribution: -20.82
 Covariance contribution:   0.04
 Mean z-score:  -1.22
 Structure conservation index:   0.89
 SVM decision value:   0.30
 SVM RNA-class probability: 0.677345
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr5/170629568-170629449
AAAUAAUUGCAGUAUCAUUGCAUCAGUUUAGUUUAAAGAGCUGACAAACCCUCUCUAAACUCCAAGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAAUC
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>canFam1.chr4/47311339-47311453
AAAUAAUUGCAGUAUCAUUGCAUCAGUUUAAAGAGCUGACAAAUCCUCUCUAAACUCCAAGCACAACUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACC
.......((((((...))))))...((((((((.(((((.((((...(((((((((...((.....)))))..))))))....)))).))))).)).))))))........... ( -21.20)
>mm5.chr11/88513189-88513308
AAAUAAUUGCAGUAUCACUGCAUCCGUUUAGUUUAAAGAGCUGACAAACCCUCUCUAAACUCCAGGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACC
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>rn3.chr10/92593394-92593513
AAAUAAUUACGGUAUCAUUGCAUCAGUUUAGUUUAAAGAGCUGACAAGGCCUCUCUAAACUCCAGGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACC
......((((((....(((((........((((((.((((((.....)).)))).)))))).(((((..((((((.(......).)))))).....)).)))....))))))))))).. ( -22.40)
>galGal2.chr13/6218958-6218839
AAAUAAUUGCAGUUAUCAUUGCAUCAGUUUAGUUUAAAGAGCUGACAAACCUCUCUAAACUCAACGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACC
((((...((((((....))))))...)))).((((((((.(((((.((((..(((((((((............)))..))))))....)))).))))).)).))))))........... ( -23.40)
>consensus
AAAUAAUUGCAGU_AUCAUUGCAUCAGUUUAGUUUAAAGAGCUGACAAACCCUCUCUAAACUCCAAGCACAAUUAGUCAUUAGGGUCUAGUUUUUCAGCACUGUUAAGCAAUUUGUAACC
.......((((((....))))))........((((((((.(((((.((((...(((((((((............)))..))))))....)))).))))).)).))))))........... (-20.78 = -20.82 +   0.04) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

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