Structure #156271
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr5 |
Strand | - |
Position | 178,978,378 - 178,978,491 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 88.82 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -24.8 |
Consensus MFE | -21.34 |
Combinations/base pair | 37 / 33 = 1.12 |
SCI | 0.86 |
z-score | -2.45 |
RNA class probability | 0.99693 |
This structure is part of cluster 86486
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 88.82 Mean single sequence MFE: -24.80 Consensus MFE: -21.34 Energy contribution: -20.86 Covariance contribution: -0.48 Mean z-score: -2.45 Structure conservation index: 0.86 SVM decision value: 2.77 SVM RNA-class probability: 0.996930 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr5/178978491-178978378 CUUGCUGUAUAUAAAUAUUCUGCAUAGUAUUAAUAAGCAUAGCUUUCAAGAAAUUGUCACAAAAGGUUUUAUUCUCUUUGCUUGUGACUAUUUUUCAUUGAAGCAUGCGCUU ...((....(((.((((((......)))))).))).((((.((((.(((((((..(((((((((((........))))...)))))))....)))).))))))))))))).. ( -24.60) >canFam1.chr11/9911813-9911701 CUUGCUGUAUAUAUAUUCUGCAUAUGUAUUAAUAAGCAUAGCUUUCAAGAAAUUGUCACAAAAGGUUUUAUUCUCUUUGCUUGUGACUAUUUUUCAUUGAAGCAUGCGCUU ...((.((((((((.......))))))))......((((.((((.(((((((..(((((((((((........))))...)))))))....)))).))))))))))))).. ( -26.20) >mm5.chr11/71627013-71627129 CUUGCUGUAUAAAUAUUCUGCAUAUGUAUUAAUAAGCAUAGCUUUCAAGAAAUUGUCACAAAGGGUUUUAUUCUCUUUGCUUGUGACUAUUUUUCAUUGAAGCAUGCGCUUUUUU ...((.((((........(((.(((......))).)))..((((.(((((((..(((((((((((.......))))....)))))))....)))).)))))))))))))...... ( -25.40) >rn3.chr10/74806909-74807025 CUUGCUGUAUAAAUAUUCUGCAUAUGUAUUAAUAAGCAUAGCUUUCAAGAAAUUGUCACAAAGGGUUUUAUUCUCUUUGCUUGUGACUAUUUUUCAUUGAAGCAUGCGCUUUUUUU ...((.((((........(((.(((......))).)))..((((.(((((((..(((((((((((.......))))....)))))))....)))).)))))))))))))....... ( -25.40) >galGal2.chr13/4764021-4764131 CUUACUGUAUUAAUCUUCCAUGUGAUAAGCAUAGCUUUCAAGAAAUUGUCACAAAGGGUUUUUAUUCUAUUUUACUUGUGACUAUUUUUCAUUGAAGCAUGCACUUCUU ............(((........)))..((((.((((.(((((((..((((((((((((....))))).......)))))))....)))).)))))))))))....... ( -22.41) >consensus CUUGCUGUAUA__AAUAUUCUGCAUAUGUAUUAAUAAGCAUAGCUUUCAAGAAAUUGUCACAAAGGGUUUU_AUUCU_CUUUGCUUGUGACUAUUUUUCAUUGAAGCAUGCGCUU_UU__ ..(((.((((....))))...))).............((((.((((.(((((((..(((((((((((...........))))..)))))))....)))).)))))))))))......... (-21.34 = -20.86 + -0.48)