Structure #158473
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr6 |
Strand | - |
Position | 33,440,576 - 33,440,687 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 81.9 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -55.88 |
Consensus MFE | -37.06 |
Combinations/base pair | 45 / 37 = 1.22 |
SCI | 0.66 |
z-score | -2.05 |
RNA class probability | 0.852924 |
This structure is part of cluster 87789
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 81.90 Mean single sequence MFE: -55.88 Consensus MFE: -37.06 Energy contribution: -39.25 Covariance contribution: 2.19 Mean z-score: -2.05 Structure conservation index: 0.66 SVM decision value: 0.80 SVM RNA-class probability: 0.852924 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr6/33440687-33440576 UGCAGGCCUGGAGCCUGUAGGGCUGGACUGAGGUUCAGGUCUCCCCCCAGCUGUCUCACCCCCACUUUGUCCCCACUCUAGAGCAGGGAGGCAGUGGGGGAGGAGUUGUGU (((((((.....))))))).((((((...((((......))))...))))))..(((.((((((((.(.((((..((....))..)))).).))))))))..)))...... ( -50.80) >canFam1.chr2/76373365-76373254 CACAGGCCUGGAGCCUGCUGGGCUGGACUGAGGCUCAAGGUCUCCCCCAGCUGUCCCGCCCCCCAACGUCCCCACUCUAGGGCCAGGGGGGAGGUGGGGGAGGAGUUGUGU (((((((((.((((((.(.((......))))))))).))))((((((((......((.((((((...((((........))))..)))))).))))))))))...))))). ( -55.50) >mm5.chr4/134426443-134426325 UGCAGGCCUGGAGCCUGCAGGGCUGGAUUGAGGUUCAAGGGCCCCCCCAACUCCCUGCUGUCUCACCCCCACUAUGUCCCCCCUUAGGGCCAGGGAGGUGGUGGGGGAGGAGUUGUGU (((((((.....)))))))(((((...(((.....))).)))))...((((((((....).....((((((((((.(((((((...)))...)))).)))))))))).)))))))... ( -60.00) >rn3.chr5/154760648-154760531 UGCAGGCCUGGAGCCUGCAGGGCUGGAUUGAGGUUCAAGGGCCCCCAAUUCCCUGCUGUCUCACCCCCCAUUAUGUCCCCCCUUAGGGCCAGGGAGGUGGUGGGGGAGGAGUUGUGU .((((((.....))))))((((...(((((.((((....))))..)))))))))((...(((..((((((((((.(((((((...)))...)))).))))))))))..)))..)).. ( -57.20) >consensus UGCAGGCCUGGAGCCUGCAGGGCUGGACUGAGGUUCAAGGGCCCCCCCA_______GCUGUCUCACCCCC_ACUAUGUCCCCACUCA_GGGCCAGGGAGGUGGUGGGGGAGGAGUUGUGU (((((((.....)))))))(((..((.(((.....)))...))..)))........((...(((.(((((.(((((.(((((((....)))...)))).))))))))))..)))..)).. (-37.06 = -39.25 + 2.19)