Structure #158496
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr6 |
Strand | + |
Position | 33,440,687 - 33,440,806 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 71.25 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -61.45 |
Consensus MFE | -34.7 |
Combinations/base pair | 37 / 33 = 1.12 |
SCI | 0.56 |
z-score | -3.11 |
RNA class probability | 0.999876 |
This structure is part of cluster 87789
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 71.25 Mean single sequence MFE: -61.45 Consensus MFE: -34.70 Energy contribution: -37.82 Covariance contribution: 3.12 Mean z-score: -3.11 Structure conservation index: 0.56 SVM decision value: 4.34 SVM RNA-class probability: 0.999876 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr6/33440687-33440806 GGGAAGGAGGGUAACGGGGAGGCAGGGCCCAGCCCCCCAGUGUGGGGAAACAGCUGAGGGAAGGCCCCCCUCAAAAGGCUCCACCUCCUCACCAGCACUCCUGCCCAGGGACAGGGAGC (((.(((((.((...(((((((..(((((.....((((.....)))).......((((((.......))))))...)))))..)))))))....)).))))).)))............. ( -52.90) >canFam1.chr2/76373365-76373478 GGGAGCUGGGGGGGAGGGGGAGGCAGGGCCCACCCCCACGUUGGAGAGGCUGAGGGAAGGCCCCCCUGGAAGGACUGCCCCCUCCCCAACACCCCUGCCGAGGGACAGGUAGC (((...((..((((((((((((...(((((..(((.((.(((.....))))).)))..))))).((.....)).)).))))))))))..)))))(((((........))))). ( -57.80) >mm5.chr4/134426443-134426551 AGGAAGGGCCAUGGGGAGGCAGGGUCCAGCCCCUCUCGGGGAGGGGCUGAGGGGAGGCCCCGAGGGACUCUACCUCCUCACUGGCCAGCCUGUCCUGGAGCAGGCAGC ......(((((((((((((.(((((((((((((((.....))))))))..((((...))))...))))))).)))))))).))))).((((((......))))))... ( -70.30) >rn3.chr5/154760648-154760758 AGAAAGGGCCAUGGGGAGGCAGGGCCCAGCCCCUCUGUGGGGAGGGGCUGAGGGGAGGCCCCUGAGGGACUCUACCUCCUCACUGACCAGCCUGCCCAGCAGCAGGCAGC ......((.((((((((((.((((((((((((((((....))))))))).(((((...)))))..))).)))).)))))))).)).)).((((((......))))))... ( -64.80) >consensus AGGA____AGGGCCAUGGGGAGGCAGGGCCCAGCCCCUC_GU___GGGGAGGGGCUGAGGGAAGGCCCC___CGAAGGACUCUACCUCCUCACCAACAAGCCUGCCCAGGAACAGGCAGC ..........((...((((((((.(((((((((((((((.........))))))))).(((....))).........)))))).)))))))))).....(((((........)))))... (-34.70 = -37.82 + 3.12)