Structure #158500
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr6 |
Strand | - |
Position | 33,440,687 - 33,440,806 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 71.25 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -62 |
Consensus MFE | -44.86 |
Combinations/base pair | 59 / 40 = 1.48 |
SCI | 0.72 |
z-score | -3.63 |
RNA class probability | 0.999993 |
This structure is part of cluster 87789
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 71.25 Mean single sequence MFE: -62.00 Consensus MFE: -44.86 Energy contribution: -45.05 Covariance contribution: 0.19 Mean z-score: -3.63 Structure conservation index: 0.72 SVM decision value: 5.74 SVM RNA-class probability: 0.999993 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr6/33440806-33440687 GCUCCCUGUCCCUGGGCAGGAGUGCUGGUGAGGAGGUGGAGCCUUUUGAGGGGGGCCUUCCCUCAGCUGUUUCCCCACACUGGGGGGCUGGGCCCUGCCUCCCCGUUACCCUCCUUCCC ((.(((((((....)))))).).)).((..((((((.(.(((.....(((((((((((((((((((.(((......)))))))))))..))))))).))))...))).)))))))..)) ( -61.30) >canFam1.chr2/76373478-76373365 GCUACCUGUCCCUCGGCAGGGGUGUUGGGGAGGGGGCAGUCCUUCCAGGGGGGCCUUCCCUCAGCCUCUCCAACGUGGGGGUGGGCCCUGCCUCCCCCUCCCCCCCAGCUCCC (((.((((((....))))))((.(..((((((((((.((.((.....))(((((((.((((((............)))))).)))))))..)))))))))))))))))).... ( -61.10) >mm5.chr4/134426551-134426443 GCUGCCUGCUCCAGGACAGGCUGGCCAGUGAGGAGGUAGAGUCCCUCGGGGCCUCCCCUCAGCCCCUCCCCGAGAGGGGCUGGACCCUGCCUCCCCAUGGCCCUUCCU ...((((((.....).))))).(((((.((.((((((((.((((...((((...))))..((((((((.....)))))))))))).)))))))).)))))))...... ( -61.90) >rn3.chr5/154760758-154760648 GCUGCCUGCUGCUGGGCAGGCUGGUCAGUGAGGAGGUAGAGUCCCUCAGGGGCCUCCCCUCAGCCCCUCCCCACAGAGGGGCUGGGCCCUGCCUCCCCAUGGCCCUUUCU ...(((((((....))))))).(((((.((.((((((((.((((...(((((...))))).((((((((......)))))))))))).)))))))).)))))))...... ( -63.70) >consensus GCUGCCUGCCCCUGGGCAGGCGGGCCAGUGAGGAGGUAGAGUCCCUCG___GGGGCCUCCCCUCAGCCCCUCCCC___AC_GAGGGGCUGGGCCCUGCCUCCCCAUGGCCCU____UCCC ((((((((((....)))))).))))(((((.((((((((.((((......(((((....)))))((((((((.........)))))))))))).)))))))).)))))............ (-44.86 = -45.05 + 0.19)