Structure #161231
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr6 |
| Strand | + |
| Position | 74,944,463 - 74,944,614 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 86.28 |
| Columns | 152 |
| Mean single MFE | -42.85 |
| Consensus MFE | -31.16 |
| Combinations/base pair | 55 / 46 = 1.20 |
| SCI | 0.73 |
| z-score | -2.54 |
| RNA class probability | 0.944959 |
This structure is part of cluster 89324
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 152 Columns: 152 Strand: + Mean pairwise identity: 86.28 Mean single sequence MFE: -42.85 Consensus MFE: -31.16 Energy contribution: -33.85 Covariance contribution: 2.69 Mean z-score: -2.54 Structure conservation index: 0.73 SVM decision value: 1.33 SVM RNA-class probability: 0.944959 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr6/74944463-74944614 GACUAUAUUGGAUUAUAGGCCUUCUUUUGUGUAAGAGUGCCUGUGUAUGUGAUUAUAGACAUUCCUUGUCUCUAAUCCCAUCUGCAUUAUAGUCUGGACAGUGUCAUCAGUGCAUAGCUCAGAAUUAGGUCUAGAUGGAAGCAAAAACAUU .............(((((((.(((((......))))).)))))))..((((((((.(((((.....))))).)))))(((((((.(((....((((..(.(((.((....))))).)..))))....))).)))))))..)))........ ( -41.20) >mm5.chr9/44828748-44828597 GACUAUAUUGGAUUAAAGGCCUUCUGUUGUGCAAGCCCAAUUGUGUGUGUGGUUAUAAACAUUCCUUUCCUCUAAUUCCAUCUGCAUUAUAGUCUGGGCAGUGUCAUCGAUGACAUUGCUAAAACUAGGUCCAGAUGGAAGCAAAAACAUU .......(((((..(((((.....((((.....((((((........)).))))...))))..)))))..)))))(((((((((.(((.((((...((((((((((....))))))))))...))))))).)))))))))........... ( -42.70) >rn3.chr8/45142227-45142076 GACUCUAUUGGAUUAGAGGCCUUCUGUUGUGCAAGCUCAAUUGUGUGUGUGGCUGUAGACAUUCCUUUCCUCUAAUUCCAUCUGCAUUAUAGUCUGGGCAGUGUCAUCAAUGACAUUGCUAAAACUGGGUCCAGAUGGAAACAAAAACAUU .......(((((..(((((...(((((..((((.((......)).))))..))...)))....)))))..)))))(((((((((.(((.((((...((((((((((....))))))))))...))))))).)))))))))........... ( -46.60) >canFam1.chr12/36433098-36432946 GACUAUAUUGGAUUAUAGGUCUUCUGUUGUAUAAAAGCACUUGUGUGUGUGAUUAUAAGCAUUCCUUUUCUCUAAUCCCAUCUGCAUUAUAGUCUGGACAGUGUCAUCAUUGACAUAGCUCAGAAUUCAGUCCAGAUGGAAGUAAAAACAUU .(((..((((((....(((.....((((.(((((..((((......))))..)))))))))..)))....)))))).(((((((.(((....((((..(.((((((....)))))).)..))))....))).))))))).)))......... ( -40.90) >consensus GACUAUAUUGGAUUAUAGGCCUUCUGUUGUGCAAGAGCAAUUGUGUGUGUGAUUAUAAACAUUCCUUUCCUCUAAUCCCAUCUGCAUUAUAGUCUGGACAGUGUCAUCAAUGACAUAGCU_AAAACUAGGUCCAGAUGGAAGCAAAAACAUU ......((((((..(((((.......(((((...((((((....))))))...))))).....)))))..)))))).(((((((.(((....((((((((((((((....))))))))))))))....))).)))))))............. (-31.16 = -33.85 + 2.69)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
