Structure #161235
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr6 |
Strand | - |
Position | 75,043,494 - 75,043,608 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 89.68 |
Columns | 115 |
Mean single MFE | -27.9 |
Consensus MFE | -23.7 |
Combinations/base pair | 46 / 39 = 1.18 |
SCI | 0.85 |
z-score | -2.27 |
RNA class probability | 0.960012 |
This structure is part of cluster 89326
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 115 Columns: 115 Strand: + Mean pairwise identity: 89.68 Mean single sequence MFE: -27.90 Consensus MFE: -23.70 Energy contribution: -24.95 Covariance contribution: 1.25 Mean z-score: -2.27 Structure conservation index: 0.85 SVM decision value: 1.49 SVM RNA-class probability: 0.960012 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr6/75043608-75043494 AGUGGGAAAAGCCAUUAGGUUUGAUUUUUGUCAACUUUAUGUUCAGGCCACAGAUGUUAGCAUGACACUUAAUAUUUCUGGUUUAUGGGGAAAAUUAGAAAAGAAUGCUCACAA .(((((..(((((....)))))(((((((.(((((.....))..((((((.(((((((((........))))))))).)))))).))).)))))))...........))))).. ( -26.10) >mm5.chr9/79408515-79408401 AGUGGAAAAAGCCAUUAAAGUUGAUUUUUGUCAACUUUAUGUUUAGCCACAGAUGUUAGCAUGACACUUAAUAAUUUCUGGUUUAUGGAGGAAAUUAGAAGAGAAUCCUAACAA .((((...((((...((((((((((....)))))))))).))))..))))...((((((...((..(((..((((((((..........))))))))...)))..)))))))). ( -29.50) >rn3.chr8/84014985-84014871 AGUGGAAAAAGCCAUUAAAGUUGAUUUUUGUCAACUUUAUGUUUAGCCACAGAUGUUAGCAUGACACUUAAUAAUUUCUGGUUUAUGGAGGAAAUUAGAAGAGAAUGCUAACAA .((((...((((...((((((((((....)))))))))).))))..))))...(((((((((....(((..((((((((..........))))))))...))).))))))))). ( -35.90) >canFam1.chr12/39086846-39086732 AGUAGGAAAGGCCAUUAAAGUUCUUUUUUGUCAACUUUAUGUUCAGGUCACAGAUGUUAGCAUGACACUCAAUACUUCUAGUUUAUGGGGGAAAUUAGAACAGAAUGUUCACAA .........(..((((...(((((..(((.......(((((((.(.(((...))).).))))))).........((((((.....)))))))))..)))))..))))..).... ( -20.10) >consensus AGUGGAAAAAGCCAUUAAAGUUGAUUUUUGUCAACUUUAUGUUCAG_CCACAGAUGUUAGCAUGACACUUAAUA_UUUCUGGUUUAUGGAGGAAAUUAGAAGAGAAUGCUAACAA .((((...((((...((((((((((....)))))))))).))))...))))...(((((((((....(((......(((((((((.......)))))))))))).))))))))). (-23.70 = -24.95 + 1.25)