Structure #161517

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr6
Strand	-
Position	82,802,692 - 82,802,812
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	86.53
Columns	120
Mean single MFE	-43.37
Consensus MFE	-36.2
Combinations/base pair	50 / 39 = 1.28
SCI	0.83
z-score	-2
RNA class probability	0.909879

This structure is part of cluster 89504

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  86.53
 Mean single sequence MFE: -43.37
 Consensus MFE: -36.20
 Energy contribution: -35.08
 Covariance contribution:  -1.13
 Mean z-score:  -2.00
 Structure conservation index:   0.83
 SVM decision value:   1.07
 SVM RNA-class probability: 0.909879
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr6/82802812-82802692
GGCAUAAUUGUGGUGGUCUGGGAGACACAGGCUGUCUCCUGUGGGAGGGCCAUGGCUAUCACUUAGAAGUGGCAUCUUUCCAGAAGUACAACAAUAUCACAGCUCAAAGUUGUACAUUCU
.(((....)))((..((((((....).)))))..))..(((.(..((((((((..(((.....)))..))))).)))..))))..(((((((................)))))))..... ( -41.19)
>mm5.chr9/86013198-86013078
GUCGUAAUUGUGGUGGUCUGGGAGACACAGCCUGUCUCUUGCGGGAGGGCCGUGGCUAUCACUUAGAAGUGGCUGUUCUCCAGGAGGGCACCAGUGUCACAGCUUGAAGUUGUACAUUCU
..........(((((.(((.(((((.((((((..(((...(.((...(((....))).)).)..)))...)))))))))))...))).)))))((((.(((((.....)))))))))... ( -43.30)
>rn3.chr8/90791796-90791676
GUCAUAAUUGUGGUGGUCUGGGAGACACAGCCUGUCUCCUGCGGGAGGGCCAUGGCUAUCACUUAGAAGUGGCUGUUCUCCAGGAGGGCACCAGCGUCACAGCUUGAAGUUGUAUAUUCU
..........((((((.((((....).)))))..(((((((.((((.((((((..(((.....)))..)))))).)))).)))))))..)))).....(((((.....)))))....... ( -45.30)
>canFam1.chr12/45463573-45463453
GGCAUAAUUGCGGUGGUCUGGGAGACACAGGCUGUCUCUUGUGGAAGGGCCACGGCCAUCACUUAGAAAUGGCAUCUCUCCAGAGGUGCAAAAAUGUCAUAGCUCAAAGUUGUACAUUCU
.(((....)))(((((((.((((((((.....))))))))((((.....)))))))))))...........(((((((....)))))))...(((((.(((((.....)))))))))).. ( -43.70)
>consensus
GGCAUAAUUGUGGUGGUCUGGGAGACACAGCCUGUCUCCUGCGGGAGGGCCAUGGCUAUCACUUAGAAGUGGCAGCUCUCCAGAAGGGCAACAAUGUCACAGCUCAAAGUUGUACAUUCU
.........(((((((((.((((((((.....))))))))((((.....)))))))))))))..(((.((((((((((....))))))).........(((((.....))))).)))))) (-36.20 = -35.08 +  -1.13)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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