Structure #161585

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr6
Strand	-
Position	85,026,793 - 85,026,908
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity	69.8
Columns	120
Mean single MFE	-39.66
Consensus MFE	-26.9
Combinations/base pair	46 / 30 = 1.53
SCI	0.68
z-score	-2.07
RNA class probability	0.994139

This structure is part of cluster 89549

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  69.80
 Mean single sequence MFE: -39.66
 Consensus MFE: -26.90
 Energy contribution: -26.86
 Covariance contribution:  -0.04
 Mean z-score:  -2.07
 Structure conservation index:   0.68
 SVM decision value:   2.45
 SVM RNA-class probability: 0.994139
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr6/85026908-85026793
CCUUUGUGCUCUCAUUUAGAGCUUGCACAGCCAAUUCCAUGGCGGCAAAUUUGGCACCAUGUGGGUGGCUGCCUGACUUCAAAUGCUCAGCUGCUCUGGCUCCCAGGGCACUGAC
.......(((((.....)))))..(((((((((.(..(((((.(.((....)).).)))))..).))))))..((....))..)))((((.((((((((...)))))))))))). ( -44.00)
>canFam1.chr12/47436496-47436381
UCUCUGUGCUCUCUUUCAGAGCUUGCACAGACAACUCCAUGGUGGCAAAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGCCCGACUUCAAAUGCUCAGCUGCUCUGGCUCCCAGGGCACUGAC
..(((((((.(((.....)))...)))))))......(((((((.((....)).)))))))(((((....)))))...........((((.((((((((...)))))))))))). ( -45.50)
>mm5.chr9/87743160-87743053
CCCCUGCGCUCUUGUUCUGCAGUCCCACAGUGGCACAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGGCUGCCUCACUUCAAACACUCAGCUGCUCUCGCUCCCGGGGCACUGAC
...(((((.........))))).(((((((((.((....)).)))..)))))).(((.....))).............((((.(((((.((....))))))))))). ( -32.70)
>rn3.chr8/92560548-92560429
CCUCCACACUAGUGUUUAGUGCUUGCACAGCCAGUCCCACAGUGGCACAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGGCCGCCUCACUUCAAACACUCAGCUGCUCUCACUCCCGGGGCACUGAC
...........((((((((((...((.((((((..(((((((((.((....)).)))..)))))))))))))).....))))..))))))((((.((((((.......)))))))))). ( -44.90)
>galGal2.chr3/32843200-32843315
GCUUUAAGGCCUAUUUUGGUAGAUCGACAAGUUGAUCUCUUGGUGGCAUUUUGGUACUAGGUGGGUGGCAGACAGACAUCAGAUGUUCAGCUGCUGAAAAUCUUUAAGUAAUGAC
((((.((((((((.......(((((((....)))))))(((((((.(.....).))))))))))))(((((...(((((...)))))...)))))......))).))))...... ( -31.20)
>consensus
CCUCUGCGCUCUCGUUUAG_AGCUUGCACAGCCAAUCCCAUGGUGGCAAAUUUGGCACUAUGUGGGUGGCUGCCCG____ACUUCAAAUGCUCAGCUGCUCUCGCUCCCAGGGCACUGAC
............................((((((.((((((((((.((....)).))))))).)))))))))...................((((.((((((((...)))))))))))). (-26.90 = -26.86 +  -0.04)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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