Structure #161996

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr6
Strand	+
Position	91,142,465 - 91,142,585
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	92.08
Columns	120
Mean single MFE	-27.3
Consensus MFE	-23.75
Combinations/base pair	38 / 33 = 1.15
SCI	0.87
z-score	-1.9
RNA class probability	0.890062

This structure is part of cluster 89785

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  92.08
 Mean single sequence MFE: -27.30
 Consensus MFE: -23.75
 Energy contribution: -24.75
 Covariance contribution:   1.00
 Mean z-score:  -1.90
 Structure conservation index:   0.87
 SVM decision value:   0.96
 SVM RNA-class probability: 0.890062
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr6/91142465-91142585
CUUGCUCACUAGCCACAGCUGUUUGUUGUUUUCUUAAAUGUUAAGCUUUUUAUAGCUCUUCAGUUGCUUAUAAAAAGUACCAGUUAUUCAGGCCAUACAAGAACUGGCUCUGUGCUGGUC
...(((....))).(((((.....)))))...............((((((((((((.........)).))))))))))((((((....(((((((.........)))).))).)))))). ( -29.90)
>mm5.chr4/121739647-121739527
CUUGCUCAUUUACCACAGCUGUUUGUUGUUUUCUUAAAUGCUAAGCUUUUUAUAGCUCUUCAGUUACUUAUAAAAAGUAUCAGUUAUUCAGGCCAUAUGAGCACCAUCUCAGUGCUGGUC
...((((((...(((((((.....)))))..........(((..(((((((((((((....)))....))))))))))...)))......))....))))))((((.(.....).)))). ( -24.30)
>rn3.chr5/124638497-124638377
CUUGCUCAUUUACCACAGCUGUUUGUUGUUUUCUCAAAUGCUAAGCUUUUUAUAGCUCUUCAGUUACUUAUAAAAAGUAUCAGUUAUUCAGGCCAUAUGAGCACCAGCUCAGUGCUGGUC
...((((((...((..(((.(((((.........))))))))..(((((((((((((....)))....))))))))))............))....))))))((((((.....)))))). ( -31.00)
>canFam1.chr12/52463860-52463980
CUUGCUCAUUCGCCACAGCUGUUUGUUGUUUUCUUAAAUGUUAAGCUUUUUAUAGCUCUUCAGUUACUUAUAAAAAGUAUCAGUUAUUCAGGCCAUACGAGUACUGGUUCAGUGCUAGUC
...((((....((((((((.....)))))...............(((((((((((((....)))....))))))))))............))).....))))((((((.....)))))). ( -24.00)
>consensus
CUUGCUCAUUUACCACAGCUGUUUGUUGUUUUCUUAAAUGCUAAGCUUUUUAUAGCUCUUCAGUUACUUAUAAAAAGUAUCAGUUAUUCAGGCCAUACGAGCACCAGCUCAGUGCUGGUC
...((((((..((((((((.....)))))...............(((((((((((((....)))....))))))))))............)))...))))))((((((.....)))))). (-23.75 = -24.75 +   1.00) 

	

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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