Structure #162000

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr6
Strand	+
Position	91,142,505 - 91,142,625
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	90.14
Columns	120
Mean single MFE	-31.88
Consensus MFE	-27.23
Combinations/base pair	38 / 32 = 1.19
SCI	0.85
z-score	-2.33
RNA class probability	0.96567

This structure is part of cluster 89785

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  90.14
 Mean single sequence MFE: -31.88
 Consensus MFE: -27.23
 Energy contribution: -26.22
 Covariance contribution:  -1.00
 Mean z-score:  -2.33
 Structure conservation index:   0.85
 SVM decision value:   1.58
 SVM RNA-class probability: 0.965670
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr6/91142505-91142625
UUAAGCUUUUUAUAGCUCUUCAGUUGCUUAUAAAAAGUACCAGUUAUUCAGGCCAUACAAGAACUGGCUCUGUGCUGGUCUAAUGAGCAGUGAGAACACUGGAGGCAUAUUUUUGUUGCU
...(((.....(((((.((((((((((((((....((.((((((....(((((((.........)))).))).)))))))).)))))))((....))))))))))).))).......))) ( -35.90)
>mm5.chr4/121739687-121739567
CUAAGCUUUUUAUAGCUCUUCAGUUACUUAUAAAAAGUAUCAGUUAUUCAGGCCAUAUGAGCACCAUCUCAGUGCUGGUCUAAUGAGCAGCCAGAACACUGAAGGCCUAUUUCUGUCACU
....(((((((((((((....)))....))))))))))..(((..((..(((((....((......))(((((((((((((....))..)))))..)))))).)))))))..)))..... ( -29.80)
>rn3.chr5/124638537-124638417
CUAAGCUUUUUAUAGCUCUUCAGUUACUUAUAAAAAGUAUCAGUUAUUCAGGCCAUAUGAGCACCAGCUCAGUGCUGGUCUAAUGAGCAGCCAGAACACUGAAGUCCUAUUUCUGUCGCU
...(((.....((((..((((((((((((.....)))))...(((......(((((...((.((((((.....)))))))).))).))......))))))))))..)))).......))) ( -31.80)
>canFam1.chr12/52463900-52464020
UUAAGCUUUUUAUAGCUCUUCAGUUACUUAUAAAAAGUAUCAGUUAUUCAGGCCAUACGAGUACUGGUUCAGUGCUAGUCUAAUGAGCAGUGAGAACACUGAAGGCAUAUUUUUGUUGCU
...(((.....(((((.((((((((((((.....)))))...(((.((((.(((((((.(((((((...))))))).))...))).))..)))))))))))))))).))).......))) ( -30.00)
>consensus
CUAAGCUUUUUAUAGCUCUUCAGUUACUUAUAAAAAGUAUCAGUUAUUCAGGCCAUACGAGCACCAGCUCAGUGCUGGUCUAAUGAGCAGCCAGAACACUGAAGGCAUAUUUCUGUCGCU
...((((......))))((((((((((((.....)))))...(((......(((((...((.((((((.....)))))))).))).))......))))))))))................ (-27.23 = -26.22 +  -1.00) 

	

[Download RNAz result]

Consensus structure

Secondary structure graph

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Montain plot

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Dotplot

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