Structure #162040
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr6 |
Strand | + |
Position | 91,496,514 - 91,496,632 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
Mean pairwise identity | 84.68 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -35.56 |
Consensus MFE | -24.98 |
Combinations/base pair | 47 / 36 = 1.31 |
SCI | 0.7 |
z-score | -2.96 |
RNA class probability | 0.980763 |
This structure is part of cluster 89808
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 84.68 Mean single sequence MFE: -35.56 Consensus MFE: -24.98 Energy contribution: -25.62 Covariance contribution: 0.64 Mean z-score: -2.96 Structure conservation index: 0.70 SVM decision value: 1.87 SVM RNA-class probability: 0.980763 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr6/91496514-91496632 AAUGAAUGUGCUCCCUCCCAGUUGGGAUCUCGGGUGCAUUUACUCAUCUUCAACCAGUGUAAUUAAAGAUGAAAAGUAUAACACUGAUGUAUCCUUCUCUGGGGAGGGAGUUGUUUUA ..((((...((((((((((....((((....(((((((((...(((((((...............)))))))..(((.....)))))))))))).))))..))))))))))...)))) ( -40.76) >mm5.chr4/122108700-122108582 AAUGAAUCUACUCCCUCCCAAUGGGGAUCUCUGGGGCCUUUACUCAUCUCCAACCAGUGUAAUUAAAGAUGAAAAGUAUAACACUGAUGUACCCUUCUCUGGGGAGGGAGUUGUUUUA ..((((...((((((((((..((((((....((((.......))))))))))..((((((.((..............)).))))))...............))))))))))...)))) ( -37.54) >rn3.chr5/125024632-125024514 AAUGAAUCUACUCCCUCCCAAUGGGGAUCUCUGGUGCAUUUACUCAUCUCCAACCAGUGUAAUUAAAGAUGAAAAGUGUAACACUGAUGUACCCUUCUCUGGGGAGGGAGUUGUUUUA ..((((...((((((((((...(((((.....((((((((...((((((.................))))))..((((...))))))))))))..))))).))))))))))...)))) ( -41.03) >canFam1.chr12/52843509-52843627 AAUGAAUCUGUUCCCUCCCAAUUGGGAUCUCAGGCGCAUUUACUCAUCUUCAACCAGUGUAAUUAAAGAUGAAAAGUAUAACACUGAUGUAUACUUCUCUGGGGAGGGAGUUGUUUUA ..((((.(..(((((((((....((((................(((((((...............)))))))..((((((.((....))))))))))))..)))))))))..).)))) ( -30.16) >galGal2.chr3/35286670-35286551 AAUAAGUGUACUACUUCCCAGCUGGGAUCCUCCUGGUAUGUUCAUUCAUCUUCAACCAGUGUAAUUAAAGGUAAAAGGUGCAACACUGAUGAUUCUUCUCUAGAGAUCUCAUCAGUUUA ....((..(((((..((((....))))......)))))..))....((((((..(((..((....))..)))..))))))....((((((((.((((.....))))..))))))))... ( -28.30) >consensus AAUGAAUCUACUCCCUCCCAAUUGGGAUC__UCUGGUGCAUUUACUCAUCUUCAACCAGUGUAAUUAAAGAUGAAAAGUAUAACACUGAUGUAUCCUUCUCUGGGGAGGGAGUUGUUUUA ..((((...((((((((((....((((.......((((((((...(((((((...............)))))))..(((.....)))))))))))..))))..))))))))))...)))) (-24.98 = -25.62 + 0.64)