Structure #162988

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr6
Strand +
Position 99,701,979 - 99,702,098
Number of sequences 5
Organisms human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity 86.35
Columns 120
Mean single MFE -48.52
Consensus MFE -38.72
Combinations/base pair 52 / 40 = 1.30
SCI 0.8
z-score -3.84
RNA class probability 0.999157

This structure is part of cluster 90290

Alignment

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  86.35
 Mean single sequence MFE: -48.52
 Consensus MFE: -38.72
 Energy contribution: -40.28
 Covariance contribution:   1.56
 Mean z-score:  -3.84
 Structure conservation index:   0.80
 SVM decision value:   3.40
 SVM RNA-class probability: 0.999157
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr6/99701979-99702098
GGGAGCUUCAUUUACAUGCAUGUGGGGAUCCCAUCGGAUCUGUUCAAAGGUACAGUCCGAGGCAGUCAGAUGGCAUCCAAUGUGCAUGUAAAUGAAGCUCCCAAAGUGGGGUGUAGGCU
(((((((((((((((((((((((..((((.(((((.((.(((((....((......))..))))))).))))).)))).)))))))))))))))))))))))................. ( -61.20)
>canFam1.chr12/60324105-60324224
GGGAGCUUCAUUUACAUGCAUGUGGGGAUCCCAUCGGAUCUGCUCAAAGGUACAGUCCGAGGCAGUCAGACGGCAUCCGAUGCGCAUAUAAAUGAAGCUCCCCAAGUGGGGUGUAGGCU
((((((((((((((.((((..((.(((...((.(((((.(((..(....)..))))))))))..(((....))).))).))..)))).))))))))))))))................. ( -47.10)
>mm5.chr4/132112637-132112518
GGGAGCUUCAUUGACAUGCAUGUGGGGAUCCCACAGGAUCUGCUCAAAGGUACAGUCCAAGGCAGUCAGACAGCAUUGGAUGUGCAUGCAAAUGAGGCUCCUAAGGUGGGGUGAAGGCU
((((((((((((..((((((((.(.((((((....)))))).).).........((((((.((.(.....).)).)))))))))))))..))))))))))))................. ( -47.70)
>rn3.chr5/136237179-136237060
GGGAGCUUCAUUGACAUGCAUGUGGGGAUCCCGCUGGAUCUGCUCAAAGGUACAGUCCAAGGCAGUCAGACAGCAUUGGAUGUGCAUGCAAAUGAGGCUCCUAAGGUGGGGUGCAGGCU
((((((((((((..((((((((.(.((((((....)))))).).).........((((((.((.(.....).)).)))))))))))))..))))))))))))................. ( -47.50)
>galGal2.chr3/887-767
GGGAGCCUCAUUUACAUGCAUAUGGGUAUCUGAUUGGAUCUGUUCAAAGGUACAGUAGGAGUCAGUCAGAUUGCAUAUGAUGUGCAUAUCAAUGAAGUUCCCAAAGUGGGGUGUGAUGCU
((((((.((((((((((.((((((.(.((((((((((..((((........))))......))))))))))).)))))))))))......))))).)))))).................. ( -39.10)
>consensus
GGGAGCUUCAUUUACAUGCAUGUGGGGAUCCCAUCGGAUCUGCUCAAAGGUACAGUCCGAGGCAGUCAGACAGCAUCCGAUGUGCAUGUAAAUGAAGCUCCCAAAGUGGGGUGU_AGGCU
((((((((((((.((((((((((..((((.(((((.((.(((((....((......))..))))))).))))).)))).)))))))))).)))))))))))).................. (-38.72 = -40.28 +   1.56) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

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