Structure #165591

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr6
Strand	+
Position	148,404,360 - 148,404,476
Number of sequences	5
Organisms	human, mouse, rat, dog, chicken
Mean pairwise identity	83.33
Columns	120
Mean single MFE	-33.62
Consensus MFE	-19.56
Combinations/base pair	45 / 34 = 1.32
SCI	0.58
z-score	-3.24
RNA class probability	0.973039

This structure is part of cluster 91828

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
…œÈ››?x
 Mean pairwise identity:  83.33
 Mean single sequence MFE: -33.62
 Consensus MFE: -19.56
 Energy contribution: -19.16
 Covariance contribution:  -0.40
 Mean z-score:  -3.24
 Structure conservation index:   0.58
 SVM decision value:   1.70
 SVM RNA-class probability: 0.973039
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr6/148404360-148404476
AAGUAGAUAUUGGCUUUUGUUGCCAGUACCAAGAUUUAUUGGUUCAAGAGUUAUUGAUCAUGGGCAAAUCUUGGCCAUUAUUAUGCCUUGAGGACAAAUAAAUCUUUAUCAGCUGA
.(((.(((((((((.......)))))))..(((((((((((.((((((.((...((((.((((.((.....)).)))).)))).))))))))..).))))))))))..)).))).. ( -33.40)
>mm5.chr10/121795237-121795121
AAGUAGAUAUUGGCUUUUGUUGCCAAUACCAGGAUUUAUUGGCCCGAGAGUCAUCGAUUGUGGGCAAAUCUUGGCCAUUAUGAUGCCUUCAGGACAAAUAAAUCUUGAUCAGCUGA
.(((.(((((((((.......))))))..(((((((((((.(.((..(((.(((((...((((.((.....)).))))..))))).)))..)).).)))))))))))))).))).. ( -39.50)
>rn3.chr1/264337247-264337131
AAGUAGAUAUUGGCUUUUGUUGCCAAUACCAGGAUUUAUUGGCCCAAGAGUCAUCGAUUGUGGUCAAAUCUUGGCCAUUAUGAUGCCUUCAGGACAAAUAAAUCUUUAUCAGCUGA
.(((.(((((((((.......)))))....((((((((((.(.((..(((.(((((...(((((((.....)))))))..))))).)))..)).).)))))))))))))).))).. ( -36.70)
>canFam1.chr1/42018864-42018980
AAGUAGAUAUUGGCUUUUGUUGCUGAUAUCAAGAUUUAUUGGUUCAAAAGUUAUUGAUCAUGGGCAAAUCUCGGCCAUUAUUAUACCUUGAGGACAAAUAAAUCUUUAUCAGCUGA
.(((.(((((..((.......))..)))))((((((((((.((((..(((.(((.(((.((((.(.......).)))).)))))).)))..)))).)))))))))).....))).. ( -32.60)
>galGal2.chr3/46486240-46486359
AAGUAGGCAUUGACUUCUGUUGCCAAUAUCAAGAUUUAUUGGCACAAGAGAUAUUGACUACAGUAAAUCUAUGACAUUAUUAUAUCUGAAAGAUUAAUAAAUCUUGUUACCAGCCAAGA
..((((.((.((.((..(((.(((((((........))))))))))..)).)).)).))))...............((((((.(((.....))))))))).(((((........))))) ( -25.90)
>consensus
AAGUAGAUAUUGGCUUUUGUUGCCAAUACCAAGAUUUAUUGGCCCAAGAGUUAUUGAUUAUGGGCAAAUCUUGGCCAUUAUUAUGCCUUCAGGACAAAUAAAUCU__UUAUCAGCU__GA
..((.(((((((((.......)))))))...(((((((((.(.((..(((.(((.....((((.(.......).))))....))).)))..)).).))))))))).....)).))..... (-19.56 = -19.16 +  -0.40)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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