Structure #165653
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr6 |
| Strand | + |
| Position | 149,564,187 - 149,564,381 |
| Number of sequences | 4 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog |
| Mean pairwise identity | 83.23 |
| Columns | 194 |
| Mean single MFE | -72.23 |
| Consensus MFE | -51.12 |
| Combinations/base pair | 84 / 66 = 1.27 |
| SCI | 0.71 |
| z-score | -3.27 |
| RNA class probability | 0.995457 |
This structure is part of cluster 91875
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 194 Columns: 194 Strand: + º9›r? Mean pairwise identity: 83.23 Mean single sequence MFE: -72.22 Consensus MFE: -51.12 Energy contribution: -49.63 Covariance contribution: -1.50 Mean z-score: -3.27 Structure conservation index: 0.71 SVM decision value: 2.58 SVM RNA-class probability: 0.995457 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr6/149564187-149564381 UGUCCCCCCUGGGGACUGGGCACACAGUCUAGGUACUUGUUUUGCUCAAGCCAAUGAAAAAGGCAUGAGGAACACUUCAAAGGAAGCUUUCAAACUGCUGAUCUUGGCAGUUCUGCUGUUUUCAAAGACAACAGAACAGUGGGAAGGAGGAAGAUUUCAUUUCCCUGGAGCUUCUCUGCUUAGCUCUGGAAACA .((((((...))))))........(((.(((((((...((.((.((((.(((.........))).)))).)).))......((((((((....((((((......))))))((((.(((((....))))).)))).(((.(((((((((.....)))).)))))))))))))))).)))))))..)))...... ( -63.40) >mm5.chr10/7741458-7741647 UGUUCCCCUGGGGACUGGGCACACAGUCUAGGUGGUUGUUUUGCUCCGGCUGUAGGGGAAGCAUGAGGAACUUCAAAGGAAGCUCUUUGGGGGCUGAUCUUGGCAGUCCUGCUGUUUUGAAAGACAACAGGGAAAUGGGAAAGAGGGGAUUUCAUUUCUUGGGAGCCUCUCUACUCAGUUCUGGAAACA ((((((((((.((.(((((((.(((..(.....)..)))..))).)))))).)))))).)))).(((((.((((....)))).))))).(((((((((((((....(((((.(((((....))))).)))))...))))).(((((((.(..((.....))..).)))))))..))))))))(....). ( -73.90) >rn3.chr1/2738822-2739011 UGUUCCCCUGGGGACUGGGCACACAGUCUAGGUGGUUGUUUUGCUCCAGCUGUCGGAGAAGCAUGAGGAACUUCAAAGGAAGCUCUUUCAGGGCUGAUCUUGGCAGUCCUGCUGUUUUGAAAGACAACAGGGCAAUGGGAAAGAGGGGAUUUCAUUUCUUGGGAGCCUCUCUACUCAGUGCUGGAAACA .((((((((..((((((......))))))))).)).........(((((((((((((..(((.((((((.((((....)))).)).))))..)))..)).)))))((((((.(((((....))))).))))))..((((..(((((((.(..((.....))..).))))))).))))..))))))))). ( -71.10) >canFam1.chr1/81871780-81871587 UGUCCCCUUGGGGAUUGGGCAGGCAGUCUAGGUGCUUGUUUUGCUCAAGCCAGUGAAAGAGGCAUGAGGGAUACCUCAAAGGAGGCUUUCAAACUGCUGAUCUUGGCAGUUCUGCUGUUUUGAAAGACAACAGAACAGCGGGAAAGAGGAAAACUUCAUUCCCUUAGAGCUUCUCUGCUUAGCUCUGGCAACA .(((((....))))).((((((((((.....((((((.(((..((......))..))).))))))((((....))))...(((((((((..(((((((......)))))))..(((((((((........)))))))))(((((.((((....)))).)))))..))))))))))))))).)))).(....). ( -80.50) >consensus UGU_CCCCCUGGGGACUGGGCACACAGUCUAGGUGCUUGUUUUGCUCAAGCC_GUGAAAGAAGCAUGAGGA__ACUUCAAAGGAAGCUCUCAAACGGCUGAUCUUGGCAGUCCUGCUGUUUUGAAAGACAACAGAACAAUGGGAAAGAGG_AGAUUUCAUUUCCUGGGAGCCUCUCUACUCAGCUCUGGAAACA .((.(((.((((((((((......)))))(((((((((.((((((........)))))).))))))((((....))))...(((((((((......(((......))).((((((.(((((....))))).))))))...(((((.((((....)))).)))))..)))))))))))))))))....))).)). (-51.12 = -49.63 + -1.50)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
