Structure #166473
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr7 |
Strand | - |
Position | 58,152 - 58,263 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 84.23 |
Columns | 112 |
Mean single MFE | -57.35 |
Consensus MFE | -48.8 |
Combinations/base pair | 55 / 40 = 1.38 |
SCI | 0.85 |
z-score | -3.65 |
RNA class probability | 0.99869 |
This structure is part of cluster 92361
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 112 Columns: 112 Strand: + Mean pairwise identity: 84.23 Mean single sequence MFE: -57.35 Consensus MFE: -48.80 Energy contribution: -46.93 Covariance contribution: -1.87 Mean z-score: -3.65 Structure conservation index: 0.85 SVM decision value: 3.19 SVM RNA-class probability: 0.998690 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr7/58263-58152 CCCACACUUUCAGGUCUCUUGCACCAGAAGGUGGCAGGAUCCAUUGGGAGGAAACAGGCCACCUUGGAAGGUGUCCCUGGGCCCCCAUCCCCAGGGAUUGGGGCCGUAGGG ...((((((((.((((....).)))..((((((((....(((....)))(....)..)))))))).))))))))(((((((((((.((((....)))).)))))).))))) ( -58.40) >canFam1.chr1/499-611 CCCACGCUUUCAGGUCUCUUGCGUCGGAAAGCCGCAGGAUCCGUUGGAAGGAACCGGGUGGCCUUGGAAGGUGUCACUGGGCCCCCAGCCCCAGGGGGUGGGGGCCGUAGUG ..(((.((((((((((.((((((.(.....).))).((.(((.......))).))))).)))).))))))))).(((((((((((((.(((....))))))))))).))))) ( -56.90) >mm5.chr7/605-493 CCAACACUUUCAGGUCUCUUGCGCCGAAAGGUGGCAGAAUCCGUAGGAGGAAACCGAGUGGCCUUGGAAGGUGUUGCUGGGCCCCCGGCUCCAGGGGGUGGGGGCCGUAGUG .(((((((((((((((.((((((((....))))......(((......)))...)))).)))))..))))))))))(((((((((((.(((....))))))))))).))).. ( -58.00) >rn3.chr1/605-493 CCAACACUUUCAGGUCUCUUGCGCCGAAAGGUGGCAGAAUCCGUAGGAAGAAACCGAGUGGCCUUGGAAGGUGUUGUUGGGCCCCCAGCUCCAGGAGGUGGGGGCCGUAGUG .(((((((((((((((.((((((((....))))......(((...)))......)))).)))))..))))))))))...((((((((.(((...))).))))))))...... ( -56.10) >consensus CCAACACUUUCAGGUCUCUUGCGCCGAAAGGUGGCAGAAUCCGUAGGAAGAAACCGAGUGGCCUUGGAAGGUGUCGCUGGGCCCCCAGCCCCAGGGGGUGGGGGCCGUAGUG ...(((((((((((((.((((((((....))))......(((...)))......)))).)))))..))))))))(((((((((((((.(((...))).)))))))).))))) (-48.80 = -46.93 + -1.87)