Structure #169761

Summary

Genome/Assembly hg17
Chromosome/Contig chr7
Strand -
Position 44,798,219 - 44,798,349
Number of sequences 5
Organisms human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity 81.2
Columns 130
Mean single MFE -51.62
Consensus MFE -46.7
Combinations/base pair 56 / 39 = 1.44
SCI 0.9
z-score -3.04
RNA class probability 0.998264

This structure is part of cluster 94271

Alignment

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 130
 Columns: 130
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  80.74
 Mean single sequence MFE: -51.62
 Consensus MFE: -46.70
 Energy contribution: -43.86
 Covariance contribution:  -2.84
 Mean z-score:  -3.04
 Structure conservation index:   0.90
 SVM decision value:   3.02
 SVM RNA-class probability: 0.998165
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr7/44798349-44798219
UAGCAAGCCUCCAGCGUGCUUGGGUCUGCGGUGACCCUAUGCAUUCCUUCAGUGCUUGCUAGAACAGUUUUGAAACGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCUCCAUCCAGAGCAAGGUUAUAGAAAUUUCAGACA
((((((((((..((.((((..(((((......)))))...))))..))..)).)))))))).....((((.((((...((((..(((((((.(((.......))).)))))))..))))..)))))))). ( -48.40)
>canFam1.chr16/3665989-3665862
GCAAGCGUCCAGCGUGCUGGGGUCUGCGGUGACCCUGUGCAUUCCUGCACCGCUUGCCACAGCAUCCUGAGACGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCUCCAUCCAGAGCGAGGUUAUAGAAAUUUCAGACA
.....(((((((.((((((.(((..((((((................))))))..))).)))))).))).))))((((((((((((((.(((.......))).))))))).........))))))). ( -52.19)
>mm5.chr11/6422954-6422824
UAGCAAGCCUCCAGCGUGCUUGGGUCUGCAGUGACCCUGUGCAUUCCUACAGUGCUUGCCAGAACAAUUUUGAAGUGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCCCUCUCCAGAGCAAGGUUAUAGAAAUUUCAGACA
..((((((((..((.((((..(((((......)))))...))))..))..)).)))))).........((((((((..((((..(((((((.(((.......))).)))))))..)))).)))))))).. ( -47.40)
>rn3.chr14/87316021-87315891
UAGCAAGCCUCCAGCGUGCUUGGGUCUGCCGUGACCCUGUGCAUUCCUACAGUGCUUGCCAAAACAAUUGUGAAGUGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCUCUCUCCAGAGCAAGGUUAUAGAAAUUUCAGACA
..((((((((..((.((((..(((((......)))))...))))..))..)).)))))).........(.((((((..((((..(((((((.(((.......))).)))))))..)))).)))))).).. ( -45.90)
>galGal2.chr2/144055622-144055746
AGGCUUCCAGCAUGGUGGGGCCUGCCGUGGCCCCAUCCAUUCCUGCAGCGCUUGCCAGAGCAGCCCUGGGGUGGUUUGAGGCCUCUUUCUGUCUCUCAGGGGGAGGCUAUAGAAACCCCAUACA
.((((..(((.(((((((((((......))))))).))))..)))....((((....)))))))).((((((..((((.(((((((..(((.....)))..))))))).)))).)))))).... ( -64.20)
>consensus
UAGCAAGCCUCCAGCGUGCUUGGGUCUGCCGUGACCCUGUGCAUUCCUACAGUGCUUGCCAGAACAAUUCUGAAGUGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCUCCAUCCAGAGCAAGGUUAUAGAAAUUUCAGACA
..((((((((..((.((((..(((((......)))))...))))..))..)).))))))..........((((((...((((..(((((((.(((.......))).)))))))..))))..))))))... (-46.70 = -43.86 +  -2.84) 

	

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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