Structure #169761
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr7 |
Strand | - |
Position | 44,798,219 - 44,798,349 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 81.2 |
Columns | 130 |
Mean single MFE | -51.62 |
Consensus MFE | -46.7 |
Combinations/base pair | 56 / 39 = 1.44 |
SCI | 0.9 |
z-score | -3.04 |
RNA class probability | 0.998264 |
This structure is part of cluster 94271
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 130 Columns: 130 Strand: + Mean pairwise identity: 80.74 Mean single sequence MFE: -51.62 Consensus MFE: -46.70 Energy contribution: -43.86 Covariance contribution: -2.84 Mean z-score: -3.04 Structure conservation index: 0.90 SVM decision value: 3.02 SVM RNA-class probability: 0.998165 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr7/44798349-44798219 UAGCAAGCCUCCAGCGUGCUUGGGUCUGCGGUGACCCUAUGCAUUCCUUCAGUGCUUGCUAGAACAGUUUUGAAACGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCUCCAUCCAGAGCAAGGUUAUAGAAAUUUCAGACA ((((((((((..((.((((..(((((......)))))...))))..))..)).)))))))).....((((.((((...((((..(((((((.(((.......))).)))))))..))))..)))))))). ( -48.40) >canFam1.chr16/3665989-3665862 GCAAGCGUCCAGCGUGCUGGGGUCUGCGGUGACCCUGUGCAUUCCUGCACCGCUUGCCACAGCAUCCUGAGACGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCUCCAUCCAGAGCGAGGUUAUAGAAAUUUCAGACA .....(((((((.((((((.(((..((((((................))))))..))).)))))).))).))))((((((((((((((.(((.......))).))))))).........))))))). ( -52.19) >mm5.chr11/6422954-6422824 UAGCAAGCCUCCAGCGUGCUUGGGUCUGCAGUGACCCUGUGCAUUCCUACAGUGCUUGCCAGAACAAUUUUGAAGUGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCCCUCUCCAGAGCAAGGUUAUAGAAAUUUCAGACA ..((((((((..((.((((..(((((......)))))...))))..))..)).)))))).........((((((((..((((..(((((((.(((.......))).)))))))..)))).)))))))).. ( -47.40) >rn3.chr14/87316021-87315891 UAGCAAGCCUCCAGCGUGCUUGGGUCUGCCGUGACCCUGUGCAUUCCUACAGUGCUUGCCAAAACAAUUGUGAAGUGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCUCUCUCCAGAGCAAGGUUAUAGAAAUUUCAGACA ..((((((((..((.((((..(((((......)))))...))))..))..)).)))))).........(.((((((..((((..(((((((.(((.......))).)))))))..)))).)))))).).. ( -45.90) >galGal2.chr2/144055622-144055746 AGGCUUCCAGCAUGGUGGGGCCUGCCGUGGCCCCAUCCAUUCCUGCAGCGCUUGCCAGAGCAGCCCUGGGGUGGUUUGAGGCCUCUUUCUGUCUCUCAGGGGGAGGCUAUAGAAACCCCAUACA .((((..(((.(((((((((((......))))))).))))..)))....((((....)))))))).((((((..((((.(((((((..(((.....)))..))))))).)))).)))))).... ( -64.20) >consensus UAGCAAGCCUCCAGCGUGCUUGGGUCUGCCGUGACCCUGUGCAUUCCUACAGUGCUUGCCAGAACAAUUCUGAAGUGGUUUGAGGCCUUGCCCUGCUCCAUCCAGAGCAAGGUUAUAGAAAUUUCAGACA ..((((((((..((.((((..(((((......)))))...))))..))..)).))))))..........((((((...((((..(((((((.(((.......))).)))))))..))))..))))))... (-46.70 = -43.86 + -2.84)