Structure #169765
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr7 |
| Strand | - |
| Position | 44,917,742 - 44,917,881 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
| Mean pairwise identity | 75.54 |
| Columns | 148 |
| Mean single MFE | -58.4 |
| Consensus MFE | -46.9 |
| Combinations/base pair | 61 / 41 = 1.49 |
| SCI | 0.8 |
| z-score | -3.36 |
| RNA class probability | 0.999451 |
This structure is part of cluster 94273
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 148 Columns: 148 Strand: + Mean pairwise identity: 75.54 Mean single sequence MFE: -58.40 Consensus MFE: -46.90 Energy contribution: -44.94 Covariance contribution: -1.96 Mean z-score: -3.36 Structure conservation index: 0.80 SVM decision value: 3.61 SVM RNA-class probability: 0.999451 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr7/44917881-44917742 UGCAGUCAAGUCAAAUUCAGUGCCCGUUUCUGUCAUAGCGGGGGCUGGCCCAGAUGGCUGCCACAGCAAGCUCCACAGCUCAUGGGCCCUGGGUCACCUACCCUGGGACCUGGGGAUAAGUUUGGCUGUGGACAGUGCU .(((((((..((....(((((.((((((........)))))).)))))....)))))))))...((((...(((((((((......(((..((((.((......))))))..)))........)))))))))...)))) ( -66.04) >mm5.chr11/6515243-6515103 UGCAGUCAAGUCAAAUUCAGUUCCUAUCCUCUCAUGAUGGGAGCUGGCCCAAAUGGCUGCCACAGCAAGCUCUGCUGCUCAUGGGCCCUAUGUCCCCAGCCCUGGGACCUAGGGAUAAGUUUGGUUGCAGACAUUGCACU .(((((((........((((((((((((.......))))))))))))......)))))))....((((..(((((.(((......(((((.(((((.......))))).)))))........))).)))))..))))... ( -56.38) >rn3.chr14/87395951-87395810 UGCAGUCAAGUCAAAUUCAGUUCCUAUCCUCUCAUGAUGGGAGCUGGCCCAAAUGACUGCGACAGCAAACUCUGCUGCUCAUGGGCCCUGUGUCCCCAGCCCUUGGGACCUAGGGAUAAGUUUGGUUGCAGACAUUGCACU .(((((((........((((((((((((.......))))))))))))......)))))))....((((..(((((.(((......(((((.(((((........))))).)))))........))).)))))..))))... ( -56.98) >canFam1.chr16/3740477-3740336 UGCAGUCAAGUCAAAUUCAGCUCCCAUUCCCGUCAUAGUGGGUGCUGGCCCAGAUGGCUGCCACAGCAAGCCCUGCAGCUCAUGGGCCCUGGGUCCUCUGCACUAGGACCUGGGGAUAAGUUUGGCUGCAGACAGGGCACC .................((((.((((((........)))))).))))((((....((((((....)).))))((((((((......(((..((((((.......))))))..)))........))))))))...))))... ( -63.54) >galGal2.chr2/144095594-144095738 UGCAGCUGCGUCAAAUUCGUUCCUCAUCCAGCCCCGCGCUGGGGACCGGCCAAACAGCUGCCACAGCAACAGCCCCUGCAGCUCAUGGGCCCCACUGUUGUUCUCUCUCAACCCUGGGGAUAAAUAAAUGCUGCAGACACUGCA .(((((((((.((.......((((((.(((((.....)))))((...((((....((((((....((....))....))))))....)))).....((((........))))))))))))........)).)))))...)))). ( -49.06) >consensus UGCAGUCAAGUCAAAUUCAGUUCCCAUC__CUCUCAUGAUGGGAGCUGGCCCAAAUGGCUGCCACAGCAAG___CUCUGCAGCUCAUGGGCCCUG_UGUCCCCAGCCCU_GGGACCUGGGGAUAAGUUUG_GCUGCAGACAGUGCACU .(((((((........((((((((((((.........))))))))))))......)))))))....(((......((((((((.((....((((...(((((........)))))..)))).......)).))))))))...)))... (-46.90 = -44.94 + -1.96)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
