Structure #170236

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr7
Strand	-
Position	61,948,649 - 61,948,741
Number of sequences	4
Organisms	human, mouse, rat, dog
Mean pairwise identity	86.74
Columns	93
Mean single MFE	-46.8
Consensus MFE	-39.59
Combinations/base pair	46 / 37 = 1.24
SCI	0.85
z-score	-4.04
RNA class probability	0.996871

This structure is part of cluster 94490

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 4
 Slice: 1 to 93
 Columns: 93
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  86.74
 Mean single sequence MFE: -46.80
 Consensus MFE: -39.59
 Energy contribution: -40.15
 Covariance contribution:   0.56
 Mean z-score:  -4.04
 Structure conservation index:   0.85
 SVM decision value:   2.76
 SVM RNA-class probability: 0.996871
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr7/61948741-61948649
GGAUGCUCACUGAUUAGCCUGUGAAAGGCCACUUGGCUAGCUGGUGGCCGAGAGAUGGCACCAGAGGCCAGGGCUGGGGUUAGUGAGUGGCC
((..(((((((((((.((((.....))))..(((((((..((((((.(((.....))))))))).))))))).....)))))))))))..)) ( -44.80)
>mm5.chr14/55314813-55314720
GGCUGCCUCAUUGAUUGGCCUGUGAAAGGCCACUUGGCAGACUGGUUGCCGAGAAACGGCCCUGGAGGCCAGGGUUGGGAUUAGUGAGUAGCC
((((((.((((((((((((((.....))))).((((((((.....))))))))...(((((((((...))))))))).))))))))))))))) ( -52.10)
>rn3.chr15/42612809-42612716
GGCUGCCUCAUUGAUUGGCCUGUGAAAAGCCACUUGGCAGACUGGUUGCCGAGAAACGGCCCUGGAGGCCAGGGUUGGGAUUAGUGAGUAGCC
((((((.((((((((((((.(.....).))).((((((((.....))))))))...(((((((((...))))))))).))))))))))))))) ( -45.60)
>canFam1.chr25/29285799-29285706
GGCUGCCCCAUUGAUUGGCCUGUGAAAGGCCACUUGGUGGGCCCGUUGCCGAGAGACGGCCCCAGAGGCCAGGGCUGGGAUUAGCGAGUGGCC
(((..((((((..(.((((((.....)))))).)..)))))..(((((((.((....((((.....))))....)).))..))))).)..))) ( -44.70)
>consensus
GGCUGCCUCAUUGAUUGGCCUGUGAAAGGCCACUUGGCAGACUGGUUGCCGAGAAACGGCCCCAGAGGCCAGGGCUGGGAUUAGUGAGUAGCC
((((((.((((((((((((((.....))))).((((((((.....))))))))...(((((((((...))))))))).))))))))))))))) (-39.59 = -40.15 +   0.56)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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