Structure #171011
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr7 |
Strand | - |
Position | 72,754,079 - 72,754,198 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 77.44 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -55.07 |
Consensus MFE | -41.36 |
Combinations/base pair | 55 / 43 = 1.28 |
SCI | 0.75 |
z-score | -1.98 |
RNA class probability | 0.958662 |
This structure is part of cluster 94898
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 77.44 Mean single sequence MFE: -55.07 Consensus MFE: -41.36 Energy contribution: -42.30 Covariance contribution: 0.94 Mean z-score: -1.98 Structure conservation index: 0.75 SVM decision value: 1.48 SVM RNA-class probability: 0.958662 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr7/72754198-72754079 GUGCAGGGCGCGGGCGCAGGCAACAGGCCAGGAGGUCCUGGGGCCUGAGGUCUCCAUUCCCACUGACAUCAGUGCAAGGUGUCAGGGGGCCUGAAUCAUCGGGGCUGGGGCCAGCCCCC .....(((((.((((.(((((..((((((....)).))))..)))))..)))).)...(((.((((((((.......)))))))))))))))........(((((((....))))))). ( -64.20) >mm5.chr5/16901984-16902103 GUGCAGGGUUCGGGCAUGGGGCCAUGGGCCAGAAGGUCACAGAUCCCAGGGCUUCGGUUCCCACUGACAUUGAUGUAGGUGUCAGGAGACCUGAAUCAUCCAGACUGUGGCCAGCCCCC ...........((((....((((...))))....((((((((.((...(((.(((((.((.(.((((((((......))))))))).)).)))))...))).)))))))))).)))).. ( -46.40) >rn3.chr12/22765294-22765175 GUGCAGGGUAUGGGCGUGGGGUCAUGGACCACAAGGUCACCGAGCCCAAGGCUUCGGUCCCCACUGACAUCAAUGUAGGUGUCAGGAGACCUGAAUCAUCCAGGCUAGGGCCAGCCCCC .....((((...(((.(((((.....((((....))))((((((((...))).))))))))))((((((((......)))))))).((.((((.......))))))...))).)))).. ( -51.60) >canFam1.chr6/69923911-69924030 GUGCAAGGCGCGGGCUCAGGCGACAAGCCAGAAAGUCCUGGGGCCUGAGGCCUCAGUUCCCAGUGACAUCAGUGCAAGGUGUCAGGGGGCCUGAAUCAUCGGGGCCAGGGCCAGCCCCC ((((...))))(((((..(((.....))).....((((((.(.(((((....((((..(((..(((((((.......))))))).)))..))))....))))).))))))).))))).. ( -58.10) >consensus GUGCAGGGCGCGGGCGCAGG_CCACAGGCCAGAAGGUCACGGAGCCCAAGGCCUCGGUUCCCACUGACAUCAAUGCA_GGUGUCAGGAGACCUGAAUCAUCCAGGCUAGGGCCAGCCCCC ((((...))))((((.((((....((((((....)))).))...)))).(((((((((.(((.((((((((.......))))))))))).(((((....)))))))))))))).)))).. (-41.36 = -42.30 + 0.94)