Structure #173394
Summary
| Genome/Assembly | hg17 |
| Chromosome/Contig | chr7 |
| Strand | + |
| Position | 114,006,710 - 114,006,826 |
| Number of sequences | 5 |
| Organisms | human, mouse, rat, dog, chicken |
| Mean pairwise identity | 78.88 |
| Columns | 120 |
| Mean single MFE | -38.78 |
| Consensus MFE | -23.06 |
| Combinations/base pair | 50 / 37 = 1.35 |
| SCI | 0.59 |
| z-score | -2.98 |
| RNA class probability | 0.997166 |
This structure is part of cluster 96254
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 78.88 Mean single sequence MFE: -38.78 Consensus MFE: -23.06 Energy contribution: -24.22 Covariance contribution: 1.16 Mean z-score: -2.98 Structure conservation index: 0.59 SVM decision value: 2.81 SVM RNA-class probability: 0.997166 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr7/114006710-114006826 UAUACAUUACCUGGGAGAGCACUGUGCGGCUGCAUAUUCUCAGCUGUUGAAUGUGUUCUGCUCAUUUUCCAGCAGAGAGGAUGAGUUUAAUGUUUUCUUGGCAAUGUGUACUUUUU ((((((((.((.((((((((((...(((((((........))))))).....)))))).(((((((((((....).))))))))))........)))).)).))))))))...... ( -39.20) >mm5.chr6/15272894-15273009 UACACAUUACCUAGGAGAGCGCCGUGCGGCUGCAUAUUCUCAGCUCUUGAAUGUGCUUUGCUCAUUUUCAGCAGGAGGACAGGUUCAAUGCUUUCUUGGCAGUGUGUCCUUUUUC .(((((((.((.(((((((((((....))).((...(((((.(((...(((((.((...)).)))))..)))..)))))...)).....)))))))))).)))))))........ ( -37.40) >rn3.chr4/41168159-41168273 UACACAUUACCUAGGAGAGCACCGUGCGGCUGCAUAUUCUCAGCUCUUGAAUGUGCUUUGCUCAUUUCCAGCAGGAGGACAGGUUUAAUGCUUUCUUGGCCGUGUGUACUUUUU (((((((...((((((((((((((.((((..((((((((.........)))))))).)))).).(((((....)))))...))).....))))))))))..)))))))...... ( -38.90) >canFam1.chr14/56495550-56495666 UACACAUUACCUGGGAGAGCAUCGUGCGGCUGCAUAUUCUCAGCUGUUGAAUGUGUUCUGCUCAUUUUCCAGUGGGGAGGACGGGUUUAAUGCUUUCUGGGCAGUGUGUACUUUUU ((((((((.((..(.(((((((...(((((((........)))))))(((((.((((((.(((((......))))).)))))).)))))))))))))..)).))))))))...... ( -48.40) >galGal2.chr1/165401508-165401389 UACAGCACUGCCUUGGAGAAUAACGUGCGGGCGCAUAUUUCUUUCUUGUUGACUAUGGUUCCAUUCACUCUCCAGCUGGGAACACAUGCUCAAUUUUUUCUUGGUAAUGGUUGUUUUCA .(((((..((((..((((((....((((....))))...........(((((.(((((((((...(........)...))))).)))).)))))))))))..))))...)))))..... ( -30.00) >consensus UACA_CAUUACCUAGGAGAGCACCGUGCGGCUGCAUA_UUCUCAGCUGUUGAAUGU_GUUCUGCUCAUUUUCCAGCAG_GAGGACAGGUUUAAUGCUUUCUUGGCAGUGUGUACUUUUU_ ((((.((((.((.(((((((((..((((....))))..(((((.((((..(((((..........)))))..)))).)))))...........))))))))))).))))))))....... (-23.06 = -24.22 + 1.16)
Consensus structure
Secondary structure graph
Montain plot
Dotplot
