Structure #173578
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr7 |
Strand | - |
Position | 115,002,715 - 115,002,822 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 78.7 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -29.6 |
Consensus MFE | -20.42 |
Combinations/base pair | 34 / 25 = 1.36 |
SCI | 0.69 |
z-score | -2.35 |
RNA class probability | 0.982449 |
This structure is part of cluster 96359
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 78.70 Mean single sequence MFE: -29.60 Consensus MFE: -20.42 Energy contribution: -19.94 Covariance contribution: -0.48 Mean z-score: -2.35 Structure conservation index: 0.69 SVM decision value: 1.92 SVM RNA-class probability: 0.982449 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr7/115002822-115002715 GGUAUCAGCUUUUGAAUAUUUCAGCAGCAUUCAUUUACAUACCCACUGAGGAUUGCUGAGCAGAAAUUACCCUUUGUUCUCAGGGAUAGAAUUCAGUGGGGUUACAA .(((.(.(((.((((.....)))).))).............(((((((((.(((.(((((((((........))))..))))).)))....)))))))))).))).. ( -32.40) >canFam1.chr14/57391359-57391252 GGUAUCAGCUUCUGAAUAUUUCAGCAGCAUUCAUUUACAUACCCACUGAGGAUUGCUGAGCAGAAAUUACUCUUUGUUCUCAGGCAUAGAAUUCCAUGGGGUUACAA .(((...(((.((((.....)))).)))............((((.((((((((....(((.........)))...)))))))).(((.(....).)))))))))).. ( -26.20) >mm5.chr6/16441714-16441607 GACAUCAUCUUCUGAAUAUUUCAGUGGCCUUCAUUUGCAUACCCACUGAGGAUUUCUGAGCAGAAAUUAGCCUUUGUUCUCAGGCACAGAAUUCAGUGGGGCUACAA .......................((((((..(....).....(((((((((((((((....))))))).((((........))))......)))))))))))))).. ( -29.70) >rn3.chr4/42374872-42374766 ACAUCAUCUUCUGAAUAUUUCAGUGGGCUGCAUUUGCAUACCCACUGAGGAUUUCUGAGCAGAAAUUAGCCUUUGUUCUCAGGCACAGAAUUCAGUGGGGUUACAA ......(((.((((((..(((((((((.(((....)))..)))))))))(((((((....))))))).((((........)))).....)))))).)))....... ( -34.30) >galGal2.chr1/0-120 AGUAUCAACUUCUGAAUAUUUCAGUAACACUGCAUCUCAUCUCUCAUCUACAUAUCCAUUGAGAAGUGUUCAGCAGGAACUGCCCUUUGUUCUGAAGCACAGAACUAAACUGACUUGCAA .((((((.....))).....(((((....((((....((..(((((.............)))))..))....))))............((((((.....))))))...)))))..))).. ( -25.42) >consensus GGUAUCAGCUUCUGAAUAUUUCAGUAGCAUU_____________CAUUUACAUACCCACUGAGGAUUGCUGAGCAGAAAUUACCCUUUGUUCUCAGGCACAGAAUUCAGUGGGGUUACAA .......(((.((((.....)))).)))..........................(((((((((.....(((((.(.(((......))).).)))))........)))))))))....... (-20.42 = -19.94 + -0.48)