Structure #176077
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr7 |
Strand | - |
Position | 156,867,247 - 156,867,336 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, dog, mouse, rat |
Mean pairwise identity | 73.86 |
Columns | 89 |
Mean single MFE | -25.95 |
Consensus MFE | -23.48 |
Combinations/base pair | 35 / 24 = 1.46 |
SCI | 0.9 |
z-score | -3.41 |
RNA class probability | 0.999925 |
This structure is part of cluster 97787
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 89 Columns: 89 Strand: + Mean pairwise identity: 73.86 Mean single sequence MFE: -25.95 Consensus MFE: -23.48 Energy contribution: -20.85 Covariance contribution: -2.63 Mean z-score: -3.41 Structure conservation index: 0.90 SVM decision value: 4.59 SVM RNA-class probability: 0.999925 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr7/156867336-156867247 CAUCCAGUGUGUUUGCACGUAUAUGCAUAUGGGCACGUUGCUAUGUCCAUAUCCAUAUAUGGACGGGAACAUGUACAUCACCGACCCUC ..(((.((((....))))(((((((.(((((((((........))))))))).))))))))))(((((.........)).)))...... ( -27.20) >canFam1.chr16/21781079-21780991 CAUCCAGUGUGUUUGUACAUAUAUGCAUAUGGGUGGAUGCCGAAACCCAUAUCCAUAUAUGGAUCUGAACAAUACACAACCAACCCUC ......(((((((.((.((((((((.((((((((..........)))))))).)))))))).......)))))))))........... ( -25.60) >mm5.chr12/2836484-2836567 CAUCCAAGGGGUUUGCACAUAUAUGUGUAUAGGCCCGUGUCUGUAUUCAUAUAUGGAAUGAAACAUACCCAUAUCCAGCCCUC .......((((((.....(((((((.((((((((....)))))))).)))))))((((((.........))).))))))))). ( -23.60) >rn3.chr6/3116240-3116323 CAUCCAAGGGGUUUGCACAUAUAUGUGUAUAGGCCCAUGUCUGUAUUCAUAUAUGGAAUGGAACAUACCCAUAUCCAGCCCUC .......((((((.....(((((((.((((((((....)))))))).)))))))(((((((.......)))).))))))))). ( -27.40) >consensus CAUCCAAGGGGUUUGCACAUAUAUGCAUAUAGGCCCAU______GUCCAUAUCCAUAUAUGGAAUGGAACAUACACAUAACCAACCCUC ......((((((.((..((((((((.((((((((..........)))))))).))))))))........)).))))))........... (-23.48 = -20.85 + -2.63)