Structure #176442
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr8 |
Strand | + |
Position | 10,576,025 - 10,576,142 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 80.22 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -45.67 |
Consensus MFE | -31.3 |
Combinations/base pair | 48 / 37 = 1.30 |
SCI | 0.69 |
z-score | -2.92 |
RNA class probability | 0.997154 |
This structure is part of cluster 98003
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 80.22 Mean single sequence MFE: -45.67 Consensus MFE: -31.30 Energy contribution: -31.49 Covariance contribution: 0.19 Mean z-score: -2.92 Structure conservation index: 0.69 SVM decision value: 2.81 SVM RNA-class probability: 0.997154 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr8/10576025-10576142 AGAGCUCUGCCAGGACAGCUGCCAGUGCAGUUUAUCUCCCAGUCCGAUCAGGCCUUGGCGCAGGGAGGGAAGGUGGCCCUUUCUUCAAAAGCUUCAGCUGGCUCUGGCCUGGCAAAC .......(((((((.(((..((((((..(((((..(((((.((((((.......)))).)).)))))((((((....)))))).....)))))...)))))).))).)))))))... ( -49.50) >mm5.chr14/61106774-61106656 AGAGCCCUGCCAGGAUGGCUGCCAACUCAGCUUAUCUCCUUGCCCAAUCGAGCCCAGCUCUGGGAGGGAAAGGGCGGCCCUUUAUUCAAAAGCAUAAGCUGAUUCCAUCCUGGCAGAG ......((((((((((((........(((((((((((((((.((((...((((...))))))))))))((((((...)))))).......)).)))))))))..)))))))))))).. ( -52.30) >rn3.chr15/66510665-66510547 AGAGCCCUGCCAGGACGGCUGCCAACUCAGCUUAUCUCCUUGCCCAAUCGAGCCCAGCACUGGGAGGGAAAGGGCGGCCCUUUAUUCAAAAGCAUAAGCUGAUUCCAUCCUGGCAAAG .......((((((((.((........(((((((((....((((((..((...((((....))))...))..))))))..((((.....)))).)))))))))..)).))))))))... ( -41.10) >canFam1.chr25/24163117-24162998 AGAGCUUUGACAGGACAGCUGCCAGCCCAGCUUAUCUCCUGGCCCAAUCAGGCCUUUAUACCAGGAGGGAAAGAGCUGCUCUUUAUUCAAAAACAUAAGCUGAUUCUGUCCUGGCAAAU ...(((..((((((((((((...((..((((((.((((((((((......))))........))))))....))))))..))...............))))).)))))))..))).... ( -39.77) >consensus AGAGCCCUGCCAGGACAGCUGCCAACUCAGCUUAUCUCCUUGCCCAAUCAAGCC_CAGCACUGGGAGGGAAAGGGCGGCCCU_UUAUUCAAAAGCAUAAGCUGAUUCCAUCCUGGCAAAG ......((((((((((((.....((.((((((((((((((.((..............))...))))))(((((((...))))....))).......)))))))))))))))))))))).. (-31.30 = -31.49 + 0.19)