Structure #176444
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr8 |
Strand | - |
Position | 10,576,025 - 10,576,142 |
Number of sequences | 4 |
Organisms | human, mouse, rat, dog |
Mean pairwise identity | 80.22 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -51.23 |
Consensus MFE | -40.51 |
Combinations/base pair | 54 / 39 = 1.38 |
SCI | 0.79 |
z-score | -3.59 |
RNA class probability | 0.999708 |
This structure is part of cluster 98003
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 4 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 80.22 Mean single sequence MFE: -51.22 Consensus MFE: -40.51 Energy contribution: -40.70 Covariance contribution: 0.19 Mean z-score: -3.59 Structure conservation index: 0.79 SVM decision value: 3.92 SVM RNA-class probability: 0.999708 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr8/10576142-10576025 GUUUGCCAGGCCAGAGCCAGCUGAAGCUUUUGAAGAAAGGGCCACCUUCCCUCCCUGCGCCAAGGCCUGAUCGGACUGGGAGAUAAACUGCACUGGCAGCUGUCCUGGCAGAGCUCU .(((((((((.(((.(((((.((..((((((.....))))))........(((((...((....))((....))...)))))........)))))))..))).)))))))))..... ( -42.80) >mm5.chr14/61106656-61106774 CUCUGCCAGGAUGGAAUCAGCUUAUGCUUUUGAAUAAAGGGCCGCCCUUUCCCUCCCAGAGCUGGGCUCGAUUGGGCAAGGAGAUAAGCUGAGUUGGCAGCCAUCCUGGCAGGGCUCU ((((((((((((((..(((((((((((((((.....)))))).((((..((...((((....))))...))..))))......)))))))))........)))))))))))))).... ( -59.40) >rn3.chr15/66510547-66510665 CUUUGCCAGGAUGGAAUCAGCUUAUGCUUUUGAAUAAAGGGCCGCCCUUUCCCUCCCAGUGCUGGGCUCGAUUGGGCAAGGAGAUAAGCUGAGUUGGCAGCCGUCCUGGCAGGGCUCU ((((((((((((((..(((((((((((((((.....)))))).((((..((...((((....))))...))..))))......)))))))))........)))))))))))))).... ( -56.50) >canFam1.chr25/24162998-24163117 AUUUGCCAGGACAGAAUCAGCUUAUGUUUUUGAAUAAAGAGCAGCUCUUUCCCUCCUGGUAUAAAGGCCUGAUUGGGCCAGGAGAUAAGCUGGGCUGGCAGCUGUCCUGUCAAAGCUCU .((((.((((((((..(((((((((((((((.....)))))))(((......((((((((.(((........))).))))))))...)))))))))))...)))))))).))))..... ( -46.20) >consensus CUUUGCCAGGACAGAAUCAGCUUAUGCUUUUGAAUAA_AGGGCCGCCCUUUCCCUCCCAGUGCUA_GGCCCGAUUGGGCAAGGAGAUAAGCUGAGCUGGCAGCCGUCCUGGCAGAGCUCU ((((((((((((((..((((((((.((((..........(((...))).....(((((........(((((....))))))))))..))))))))))))...)))))))))))))).... (-40.51 = -40.70 + 0.19)