Structure #178904

Summary

Genome/Assembly	hg17
Chromosome/Contig	chr8
Strand	-
Position	60,104,158 - 60,104,278
Number of sequences	5
Organisms	human, dog, mouse, rat, chicken
Mean pairwise identity	79.08
Columns	120
Mean single MFE	-37.64
Consensus MFE	-26.98
Combinations/base pair	63 / 44 = 1.43
SCI	0.72
z-score	-4.7
RNA class probability	0.999545

This structure is part of cluster 99450

Alignment

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RNAz output

	  
###########################  RNAz 0.1.1  #############################

 Sequences: 5
 Slice: 1 to 120
 Columns: 120
 Strand: +
 Mean pairwise identity:  79.08
 Mean single sequence MFE: -37.64
 Consensus MFE: -26.98
 Energy contribution: -28.46
 Covariance contribution:   1.48
 Mean z-score:  -4.70
 Structure conservation index:   0.72
 SVM decision value:   3.71
 SVM RNA-class probability: 0.999545
 Prediction: RNA

######################################################################

>hg17.chr8/60104278-60104158
AAGAAAUAGACUGAAGUCAUUUUUGCCCUUAGGAAUUAUAGUGCCAUUUGUUUUCAUUUUGAAAAUAAAAACAAAUGACAGUACGAUUUCCUCCGAGGGAAAGUACUUUAGUUGUAAAGU
........(((((((((.((((...(((((((((((..((.((.((((((((((.(((.....))).)))))))))).)).))..).)))))..))))).)))))))))))))....... ( -34.60)
>canFam1.chr29/12765191-12765071
AAGAAAUAGACUGAAGUCAUUUUUGCCCUUAGGAAACAUAGUGCCAUUUGUUUUCGUUUUGAAAAUAAAAACAAAUGACAGUAUGAUUCCCUUGGGGAAAAAGUACUUGAGUUCUAAAGC
......((((((.((((..(((((.(((...((((.((((.((.((((((((((..((.....))..)))))))))).)).)))).))))...))).)))))..)))).)).)))).... ( -40.00)
>mm5.chr4/6840108-6839988
AAGAGAAUGGCAGAAGUCGUUCUUGUCCUCAGGAAUUGGAGCUCAGUUUGUUUUCAUUUUAAAGAUAAAAACAAAUGACAGUGUAGUCCCCUUGAGGGGAAAGUACUUUAGUUAGAAAAU
..(((((((((....)))))))))((((((........)))....(((((((((.(((.....))).))))))))))))((((...(((((....)))))...))))............. ( -31.10)
>rn3.chr5/20521866-20521746
AAGGAAAUGGCGGAAGUCAUUCUUGUCCGCAGGAACUGGAGCUCAGUUUGUUUUCAUUUUAAAGAUAAAAACAAAUGACAGUGCAGUCCCCUCCAGGGGAAAGUACUUUAGUUACAAAAU
..(((((((((....))))))....)))...(.((((((((.(((.((((((((.(((.....))).)))))))))))).((((..(((((....)))))..))))))))))).)..... ( -36.60)
>galGal2.chr2/158-39
AAAAAGUAGACUGAAGUCAUUUUCACCCUUAGGAGUUAUAAUGCCAUUUGUUUUCAUUUUGAAAAUAAAAACAAAUGACAGUAUGAUUCCCUGAGGGGGAAGUACUUUAGCUAUAAAGA
.....((((.(((((((.((((((.(((((((((((((((.((.((((((((((.(((.....))).)))))))))).)).))))))).)))))))))))))))))))))))))..... ( -45.90)
>consensus
AAGAAAUAGACUGAAGUCAUUUUUGCCCUUAGGAAUUAUAGUGCCAUUUGUUUUCAUUUUGAAAAUAAAAACAAAUGACAGUAUGAUUCCCUCGAGGGGAAAGUACUUUAGUUAUAAAGU
........(((((((((.((((((.(((((.(((((((((.((.((((((((((.(((.....))).)))))))))).)).)))))))))...))))))))))))))))))))....... (-26.98 = -28.46 +   1.48)

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Consensus structure

Secondary structure graph

Secondary structure

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Montain plot

Secondary structure

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Dotplot

Secondary structure

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