Structure #178910
Summary
Genome/Assembly | hg17 |
Chromosome/Contig | chr8 |
Strand | - |
Position | 60,104,357 - 60,104,476 |
Number of sequences | 5 |
Organisms | human, dog, mouse, rat, chicken |
Mean pairwise identity | 95.48 |
Columns | 120 |
Mean single MFE | -33.62 |
Consensus MFE | -30.26 |
Combinations/base pair | 37 / 35 = 1.06 |
SCI | 0.9 |
z-score | -1.96 |
RNA class probability | 0.994666 |
This structure is part of cluster 99450
Alignment
RNAz output
########################### RNAz 0.1.1 ############################# Sequences: 5 Slice: 1 to 120 Columns: 120 Strand: + Mean pairwise identity: 95.48 Mean single sequence MFE: -33.62 Consensus MFE: -30.26 Energy contribution: -30.06 Covariance contribution: -0.20 Mean z-score: -1.96 Structure conservation index: 0.90 SVM decision value: 2.50 SVM RNA-class probability: 0.994666 Prediction: RNA ###################################################################### >hg17.chr8/60104476-60104357 UUACUUAUGCACUUUGUUAGUGUUCAAAGGAAGAGUGUCACGUUGUACAUGCUGGCAGUUUUCCAGUCAAGAGCUGUUAAUUACUGUACAGCGACUGAAUACAUUUUGUGGCAGUGGAA .......(.(((((..(..((((((...((((((.((((((((.....))).))))).))))))((((....(((((..........))))))))))))))).....)..).)))).). ( -31.70) >canFam1.chr29/12765386-12765267 UUACUUAUGCACUUUGUUAGUGUUCAAAGGAAGAGUGUCACGUUGUACAUGCUGGCAGUUUUCCAGUCAAGAGCUGUUAAUUACUGUACAGCGAGUGAAUACAUUUUGCAGCGGUGGAA (((((..(((((((((........))))).....(((((((((((((((...((((((((((.......)))))))))).....))))))))..))).))))....))))..))))).. ( -32.90) >mm5.chr4/6840305-6840185 UUACUUAUGCACUUUGUUAGUGUUCAAAGGAAGAGUGUCACGUUGUACAUGCUGGCAGCUUUCCAGUCAAGAGCUGUUAAUUACUGUACAGCAAGUGAAUACAUUUUUGCAGCAAUGGAA ...((..(((.(((((........))))).(((((((((((((((((((...((((((((((.......)))))))))).....))))))))..))))...)))))))...)))..)).. ( -33.20) >rn3.chr5/20522061-20521942 UUACUUAUGCACUUUGUUAGUGUUCAAAGGAAGAGUGUCACGUUGUACAUGUUGGCAGCUUUCCAGUCAAGAGCUGUUAAUUACUGUACAGCAAGUGAAUACAUUUUGCAGCAAUGGAA ...((..(((.(((((........)))))((((.(((((((((((((((.((((((((((((.......))))))))))))...))))))))..))).)))).))))...)))..)).. ( -36.10) >galGal2.chr2/344-225 UUACUUAUGCACUUUGUUAGUGUUCAAAGGAGGAGUGUCACGUUGUACAUGUUGGCAGUUUUCCAGUCAAGAGCUGUUAAUUACUGUACAGCUAGUGAAUACAUUUUGUGGCAAUGGAA ...(((..(((((.....)))))...)))......((((((((((((((.((((((((((((.......))))))))))))...)))))))).((((....))))..))))))...... ( -34.20) >consensus UUACUUAUGCACUUUGUUAGUGUUCAAAGGAAGAGUGUCACGUUGUACAUGCUGGCAGUUUUCCAGUCAAGAGCUGUUAAUUACUGUACAGCAAGUGAAUACAUUUU_GCAGCAAUGGAA ...((..(((.(((((........))))).....(((((((((((((((...((((((((((.......)))))))))).....))))))))..))).)))).........)))..)).. (-30.26 = -30.06 + -0.20)